A grid-enabled algorithm yields figure-eight molecular knot

Abstract

The recently proposed general molecular knotting algorithm and its associated package, MolKnot, introduce programming into certain sections of stereochemistry. This work reports the G-MolKnot procedure that was deployed over the grid infrastructure; it applies a divide-and-conquer approach to the problem by splitting the initial search space into multiple independent processes and, combining the results at the end, yields significant improvements with regards to the overall efficiency. The algorithm successfully detected the smallest ever reported alkane configured to an open-knotted shape with four crossings.

Παράλληλοι Αλγόριθμοι Εξόρυξης Και Ανάλυσης Δεδομένων Σε Πλέγματα Υπολογιστών Με Εφαρμογές Στη Βιοπληροφορική

“…• δύο δημοσιεύσεις σε περιοδικά με σύστημα κριτών: [PM10a] και [PMKD09] • μια δημοσίευση υπό εξέταση σε περιοδικό με σύστημα κριτών…”

“…Στο Κεφάλαιο 8 περιγράφεται ο αλγόριθμος g-MolKnot, ο οποίος αποτελεί μια προσπάθεια εφαρμογής της γενικευμένης μεθοδολογίας σε ερευνητικό πεδίο εκτός του χώρου της Βιοπληροφορικής. Το υλικό αυτής της ενότητας δημοσιεύθηκε στα [PMKD08] και [PMKD09].…”

“…Προς αυτή την κατεύθυνση ο αλγόριθμος τροποποιήθηκε ώστε να να είναι δυνατή η εκτέλεσή του σε περιβάλλον Πλέγματος Υπολογιστών, δίνοντας ενδιαφέροντα αποτελέσματα όσον αφορά τη συνολική απόδοση της μεθοδολογίας. Η μέθοδος g-MolKnot εφαρμόζει μια τακτική διαίρει-και-βασίλευε στο πρόβλημα, διασπώντας το χώρο αναζήτησης σε πολλούς διακριτούς και ανεξάρτητους υποχώρους, και συνδυάζοντας τα αποτελέσματα πολλαπλών διεργασιών στο τέλος [PMKD09]. Αναλυτική περιγραφή του g-MolKnot θα γίνει στο Κεφάλαιο 8.…”