Characterization of the genome of a novel ilarvirus naturally infecting Cape gooseberry (Physalis peruviana)

Abstract

As part of an initiative to characterize viruses infecting Cape gooseberry in the province of Antioquia (Colombia), we report the genome sequence of a new member of the genus Ilarvirus (family Bromoviridae). This virus was identified in a Cape gooseberry plot in the municipality of Marinilla in a mixed infection with potato virus Y (PVY) as part of high-throughput sequencing initiative. Results were confirmed by nested RT-PCR and DAS-ELISA. Phylogenetic analysis suggested that the Cape gooseberry ilarvirus is a new member of subgroup 1 and it is most closely related to ageratum latent virus (AgLV). The name "Cape gooseberry ilarvirus 1" (CGIV-1) is proposed for this new ilarvirus.

The Virome of Babaco (Vasconcellea × heilbornii) Expands to Include New Members of the Rhabdoviridae and Bromoviridae

“…The putative P2a of BabIV-1 shares the highest level of amino acid identity with its counterpart from apple necrotic mosaic virus (ApNMV, AVI05085; 62% identity; 95% coverage). The highly conserved motif 609 ASGDDSLI 616 , which is present in P2a of other ilarviruses [ 27 ], was identified within the corresponding P2a of BabIV-1.…”

Detección molecular de virus en cultivos de uchuva (Physalis peruviana) del suroeste de Antioquia (Colombia)

“…Así mismo, la detección del ilarvirus (Bromoviridae) CGIV-1 en solo una de las muestras foliares evaluadas y la ausencia de detección en campo del nepovirus (Secoviridae) PhyVNV plantean la necesidad de reforzar las medidas fitosanitarias que impidan la dispersión de estos virus en Colombia. Ambos virus fueron recientemente registrados por primera vez en el oriente de Antioquia, en 2018 en Marinilla (Gallo et al, 2018) y PhyVNV en 2021 en La Unión y Marinilla (Corrales-Cabra et al, 2021); en este último trabajo, los niveles de prevalencia ya alcanzaban el 46.6 % (CGIV-1) y 20 % (PhyVNV) en muestras asintomáticas de campo y valores alarmantes del 53.3 % (CGIV-1) y 86.7 % (PhyVNV) en plántulas de uchuva. Para el establecimiento de diferentes cultivos en el país, es cada vez más frecuente la utilización de plántulas producidas y distribuidas por viveros.…”

“…y la marchitez bacterial (Ralstonia solanacearum) (Fischer et al, 2014). Sin embargo, en los últimos años se han registrado de manera creciente diferentes enfermedades de origen viral causadas por un complejo de virus que puede incluir al tobacco mosaic virus (TMV) (Gómez et al, 1997), potato virus X (PVX) (Zapata et al, 2005;Gutiérrez et al, 2015a), potato virus Y (PVY) (Aguirre et al, 2014;Álvarez et al, 2018;Cuttler et al, 2018), potato virus V (PVV) (Álvarez et al, 2018), cape gooseberry ilarvirus 1 (CGIV-1) (Gallo et al, 2018), potato mop-top virus (PMTV), potato yellow vein virus (PYVV), potato yellowing virus (PYV), southern tomato virus (STV) y potato virus S (PVS) (Gallo et al, 2020). Además, recientemente, Corrales-Cabra et al (2021) identificaron tres nuevas especies de virus en el oriente de Antioquia: el nepovirus Physalis vein necrosis virus (PhyVNV), el torradovirus Physalis torrado virus (PhyTV) y el potexvirus Physalis virus X (PhyVX).…”

“…La mayor parte de los registros de virus en Colombia se han realizado a partir de cultivos ubicados en el oriente de Antioquia (Gutiérrez et al, 2015a;Álvarez et al, 2018;Gallo et al, 2018;Corrales-Cabra et al, 2021), sin embargo, en este departamento hay otras zonas en el norte y suroeste donde se cultiva uchuva. Con el fin de generar una línea-base de riesgo fitosanitario viral para apoyar futuros planes de expansión de este cultivo en la subregión del suroeste Antioqueño, en esta investigación se evaluó, mediante RT-qPCR, la infección de ocho virus de RNA (CGIV-1, PhyVNV, PMTV, PVS, PVV, PVX, PVY y PYVV) en muestras foliares sintomáticas y asintomáticas de uchuva, y en semillas extraídas de frutos comercializados en la zona.…”