Estimar os valores de recarga das águas subterrâneas é importante para entender a dinâmica de sistemas aquíferos perturbados por forçantes climatológicas e pelo uso e ocupação da terra. Este trabalho estimou as taxas de recarga das águas subterrâneas pelo método da variação da superfície livre em área do Sistema Aquífero Bauru (SAB) para a Estação Ecológica e na Floresta Estadual de Santa Barbara nos anos hidrológicos 2014/2015 e 2015/2016. Durante esse período a região passou por dois períodos climáticos distintos: um ano considerado normal (com taxas de precipitação em torno da média histórica dos últimos 30 anos) seguido de um ano com a presença do fenômeno ENOS (El Niño Oscilação Sul) aumentando a precipitação em 35,44% quando comparado ao ano anterior. Os resultados demonstraram, apoiados na espacialização do fenômeno pela área estudada, que apesar das diferenças nas taxas de precipitação, o percentual de recarga foi o mesmo para os dois anos, não evidenciando diferenças entre as áreas com vegetação de Cerrado e reflorestamentos com espécies exóticas como Pinus e Eucalipto.