Colorimetric Detection of 23 Human Papillomavirus Genotypes by Loop-Mediated Isothermal Amplification

Lin, Jing; Ma, Bach; Fang, Jian Jun; Wang, Ye; He, Haizhen; Lin, Wei Hsiang; Su, Wei; Zhang, Mingzhou

doi:10.7754/clin.lab.2016.160906

Cited by 11 publications

(10 citation statements)

References 0 publications

Supporting

Mentioning

Contrasting

Unclassified

Order By: Relevance

“…There have been relevant studies on the use of LAMP for cervical cancer screening. It aims at the typing of mucosal high-risk HPV and has a good clinical application possibility [36]. It also confirms the significance and feasibility of this study.…”

Section: Discussionsupporting

confidence: 76%

Genotyping of 30 kinds of cutaneous human papillomaviruses by a multiplex microfluidic loop-mediated isothermal amplification and visual detection method

Mao

Wang

et al. 2020

Virol J

View full text Add to dashboard Cite

Background Human papillomaviruses (HPVs), a group of non-enveloped small viruses with double-stranded circular DNA which lead to multiple skin diseases such as benign warts, are commonly seen in clinics. The current HPV detection systems aim mainly at mucosal HPVs, however, an efficient clinical approach for cutaneous HPVs detection is lacking. Objectives To establish a rapid detection system for cutaneous HPVs using a colorimetric loop-mediated isothermal amplification (LAMP) with hydroxynaphthol blue (HNB) dye in combination with microfluidic technology. Methods L1 DNA sequences of the 30 cutaneous HPVs were chemically synthesized, and LAMP primers against L1 DNA were designed with use of an online LAMP designing tool. Isothermal amplification was performed with use of a water bath and the amplification results were inspected with the naked eye. Using PCR sequencing as a control method, the specificity and sensitivity of the new detection system were obtained by detecting clinical samples. Results The lower detection limit of the LAMP assay was 107 viral DNA copies/μl when tested on synthesized L1 DNA sequences, which was better than the conventional PCR. Compared to PCR sequencing, the sensitivity of HPV27, HPV2, HPV1, HPV57, HPV3, HPV4, HPV7 and HPV75 genotypes detections were 100%, whereas the specificity was 34.55, 45.12, 95.83, 98.59 and 97.62% respectively, when tested on clinical samples. Conclusions The new cutaneous type HPV detection system is characterized by both a good sensitivity and specificity compared to conventional methods.

show abstract

Section: Discussionsupporting

confidence: 76%

Genotyping of 30 kinds of cutaneous human papillomaviruses by a multiplex microfluidic loop-mediated isothermal amplification and visual detection method

Mao

Wang

et al. 2020

Virol J

View full text Add to dashboard Cite

show abstract

“…However, this method required the electrochemical workstation. The above mentioned limitations can be addressed by a rapid and sensitive colorimetric assay (CA) via a colour change (Khan et al 2015;Chen et al 2017;Lin et al 2017). Since this technology did not require trained personnel and expensive equipment, CA has been taken into account as one of the best candidate for point-of-care test (Gabriel et al 2017;Lin et al 2018).…”

Section: Introductionmentioning

confidence: 99%

“…2017; Lin et al . 2017). Since this technology did not require trained personnel and expensive equipment, CA has been taken into account as one of the best candidate for point‐of‐care test (Gabriel et al .…”

Section: Introductionmentioning

confidence: 99%

Detection of toxin B ofClostridium difficilebased on immunomagnetic separation and aptamer‐mediated colorimetric assay

Luo

Liu

2020

Lett. Appl. Microbiol.

View full text Add to dashboard Cite

show abstract

“…Další zajímavou a relativně jednoduchou možností je amplifikace virové DNA spojená s kolorimetrickou [28,29] nebo turbidimetrickou detekcí [30], a to bez nutnosti hybridizace s DNA sondou. Jinými slovy, pokud neznámý vzorek obsahuje virovou DNA, dojde k její amplifikaci a díky exponenciálnímu ná-růstu množství DNA ve vzorku dochází i ke změně vlastností roztoku, případně dochází k četnějším interakcím amplikonů s vhodně zvolenou látkou.…”

unclassified

“…Pokud se kupříkladu do reakce přidá komplex kalceinu a iontů manganu, je možné detekovat vznik amplikonů kolorimetricky. Během amplifikace se uvolňuje pyrofosfát, který ionty manganu váže na sebe, tím je kalcein uvolněn do roztoku a dochází ke změně barvy z oranžové na žlutozelenou [28]. Turbidimetrické měření využívá skutečnosti, že během amplifikace nastává vysrážení uvolněného pyrofosfátu v přítomnosti hořečnatých iontů, což vede k zakalení roztoku (zvýšení turbidity) [30].…”

unclassified

Human Papillomavirus – Role in Cervical Carcinogenesis and Methods of Detection

Bartošík¹,

Hrstka²,

Jiráková³

2018

Klin Onkol

View full text Add to dashboard Cite

Východiska: Perzistentní infekce onkogenním typem lidského papilomaviru (human papillomavirus -HPV), nejčastěji HPV 16 a HPV 18, může vést k rozvoji řady maligních onemocnění, zejména pak ke karcinomu děložního hrdla u žen. Testování na přítomnost HPV DNA se tudíž zavádí jako komplementární metoda ke stávajícímu cytologickému vyšetření, mimo jiné i díky vyšší citlivosti. Cíl: Tento přehledový článek pojednává o roli HPV v karcinogenezi děložního hrdla, zejména popisuje vznik cervikálních intraepiteliálních lézí (CIN1-3) a molekulární mechanizmus transformace buněk. Představuje existující bio markery pro dia gnostiku prekancerózních lézí, mezi které patří např. mRNA transkripty genů E6 a E7, protein p16 (inhibitor cyklin-dependentní kinázy regulující přechod z G1 do S fáze buněčného cyklu), změněné metylační vzorce DNA nebo působení specifických miRNA, tj. krátkých nekódujících jednořetězcových RNA o délce 18-22 nukleotidů, které posttranskripčně regulují genovou expresi. Dále rozebírá výhody a nevýhody komerčně dostupných HPV testů, a v neposlední řadě představuje nově vyvíjené metody umožňující levnou a rychlou dia gnostiku HPV na bázi optické i elektrochemické detekce. Závěr: Nádory děložního hrdla i navzdory velkému pokroku v posledních letech stále patří mezi nejrozšířenější ženské malignity s vysokou mortalitou, zejména v rozvojových zemích. Ke snížení mortality by mohla pomoci implementace HPV testování do rutinního screeningového vyšetření. To však bude třeba finančně zefektivnit tak, aby bylo cenově konkurenceschopné se stávajícími cytologickými vyšetřeními. Klíčová slovaHPV -karcinom cervixu -HPV testování -hybridizace nukleových kyselin -mRNA -metylace DNA -miRNA SummaryBackground: Persistent infection with high-risk human papillomavirus (HPV) strains, especially HPV 16 and HPV 18, is associated with the onset of various malignant dis eases, includ ing cervical carcinoma in women. HPV DNA test ing is thus be ing implemented as a complementary method to standard cytological examination, mainly due to its increased sensitivity. Aim: This review outlines the role of HPV in cervical carcinogenesis, with a focus on the formation of cervical intraepithelial neoplasias (CIN1-3) and the molecular mechanism underly ing cellular transformation. Current bio markers used to screen premalignant lesions are described, includ ing mRNA transcripts of the E6 and E7 genes, protein p16 (a cyclin-dependent kinase inhibitor that regulates cell cycle progression from G1 to S phase), altered DNA methylation patterns, and actions of specific microRNAs (short (18-22 bp), non-coding, single-stranded RNA molecules that regulate gene expression at the post-transcriptional level). This review also describes the advantages and drawbacks of commercial HPV tests, and depicts novel methods for more cost-effective and faster HPV dia gnostics based on optical or electrochemical detection. Conclusion: Although great progress has been made, the incidence and mortality rates of cervical malignancies remain relatively high , especially in d...

show abstract

Colorimetric Detection of 23 Human Papillomavirus Genotypes by Loop-Mediated Isothermal Amplification

Abstract: It was concluded that this colorimetric LAMP assay had potential application for the rapid screening of the HPV infection in resource-limited hospitals or rural clinics.

Cited by 11 publications

References 0 publications

Genotyping of 30 kinds of cutaneous human papillomaviruses by a multiplex microfluidic loop-mediated isothermal amplification and visual detection method

Genotyping of 30 kinds of cutaneous human papillomaviruses by a multiplex microfluidic loop-mediated isothermal amplification and visual detection method

Detection of toxin B ofClostridium difficilebased on immunomagnetic separation and aptamer‐mediated colorimetric assay

Human Papillomavirus – Role in Cervical Carcinogenesis and Methods of Detection

Contact Info

Product

Resources

About