COLD-PCR and microarray: two independent highly sensitive approaches allowing the identification of fetal paternally inherited mutations in maternal plasma

Abstract

COLD-PCR and microarray approaches are not expensive, simple to handle, fast and can be easily set up in specialised clinical laboratories where prenatal diagnosis is routinely performed.

A Broad Test Based on Fluorescent-Multiplex PCR for Noninvasive Prenatal Diagnosis of Cystic Fibrosis

“…Previous studies were performed on small sample groups and on targeted mutation of the CFTR gene [7,9,10,[16][17][18][19][20]. In contrast, here we analyzed more than 14 samples from high-risk CF pregnancies and over 16 samples from pregnancies with a priori CF risk based on ultrasound findings, the latter secondarily excluded following parental genotyping.…”

Primary study on application of cell-free fetal DNA (cffDNA) in non-invasive prenatal testing of β-thalassemia

“…Từ năm 2005, Ying Li đã cho thấy tiềm năng của việc áp dụng cffDNA vào chẩn đoán không xâm lấn bệnh β-thalassemia [6]. Từ đó đến nay, nhiều nhà nghiên cứu đã thử nghiệm các phương pháp khác nhau như allele-specific PCR (AS-PCR) hoặc realtime AS-PCR kết hợp làm giàu tỉ lệ cffDNA qua gel agarose [6][7][8], COLD-PCR, microarray [9] và giải trình tự thế hệ mới (next-generation sequencing) [10] Hình 2A minh họa kết quả chạy điện di sản phẩm AS-PCR với mồi đột biến CD41/42 trên mẫu T4. Kết quả cho thấy các giếng chạy với DNA sau tách chiết (TLG) và sau làm giàu qua gel (SLG) đều lên vạch sản phẩm với kích thước phù hợp chứng tỏ sự hiện diện của đột biến CD41/42 trong mẫu.…”

“…Tương tự, Chen và cộng sự cũng sử dụng AS-PCR cho các SNPs kết hợp làm giàu qua gel để phát hiện sự di truyền các đột biến CD41/42, IVS1-5 và IVSII-654 từ bố hoặc mẹ sang thai nhi và đạt kết quả chính xác 8/8 mẫu [7]. Mới đây, năm 2016, nghiên cứu của Silvia Galbiati và cộng sự đã công bố sự thành công trong việc áp dụng kỹ thuật full COLD-PCR (coamplification at lower denaturation temperature-PCR) và microarray để phát hiện 7 đột biến β-thalassemia di truyền từ bố sang con của 75 mẫu thai phụ [9]. Bên cạnh đó, NGS là một trong những phương pháp chẩn đoán NIPT được nghiên cứu ứng dụng rộng rãi trên thế giới, nhưng ở Việt Nam vẫn chưa được phát triển.…”

Non‐invasive prenatal testing for fetal inheritance of maternal β‐thalassaemia mutations using targeted sequencing and relative mutation dosage: a feasibility study

“…Invasive prenatal diagnosis (IPD) for pregnancies at risk of a haemoglobinopathy can be offered, but due to a procedure‐related risk of miscarriage of 0.1–0.2%, non‐invasive prenatal diagnosis (NIPD) without risk of pregnancy loss is preferable. Following the discovery of cell‐free fetal DNA (cffDNA) in maternal plasma, many studies have been conducted using this source of genetic material to develop NIPD for β ‐thalassaemia . Most focus on detecting inheritance of paternal mutations when parents carry different mutations .…”

“…Following the discovery of cell-free fetal DNA (cffDNA) in maternal plasma, 7 many studies have been conducted using this source of genetic material to develop NIPD for b-thalassaemia. [8][9][10][11][12][13][14][15][16][17] Most focus on detecting inheritance of paternal mutations when parents carry different mutations. [8][9][10][11][12][13][14][15][16][17] The paternal mutation will only be present in the maternal circulation if it has been inherited by the fetus, raising two possibilities: either the baby has inherited only the paternal mutation (in which case will be a carrier) or he/she has inherited mutations from both parents (and will be affected).…”