En los últimos años, los métodos basados en lógica difusa han demostrado ser apropiados para abordar la incertidumbre y la subjetividad en los problemas ambientales. En el presente estudio, se usó una prueba de fitotoxicidad utilizando semillas de Lactuca sativa y parámetros fisicoquímicos para evaluar la calidad del agua del Río Pasto (Colombia), actualmente contaminado por vertimiento industriales ligados al curtido de pieles animales, a través del Índice Fuzzy de Calidad del Agua. El modelo adaptado tuvo en cuenta parámetros como oxígeno disuelto, pH, demanda química de oxigeno, conductividad eléctrica, sólidos suspendidos totales y la concentración efectiva que inhiba el 50% de la germinación de las semillas (CE50). Los resultados arrojados por el software Matlab, muestran que la calidad del agua del Río Pasto presenta una tendencia a la baja y su estado general es Regular, concluyendo así que dichas aguas tienen un efecto toxicológico lo suficientemente nocivo para inhibir el desarrollo normal de Lactuca sativa.