1H NMR investigation on 6-azacytidine and its derivatives

Samijlenko, S. P.; Alexeeva, I. V.; Palchykivs’ka, L.H; Kondratyuk, I. V.; Stepanyugin, A. V.; Shalamay, A. S.; Hovorun, Dmytro М.

doi:10.1016/s1386-1425(99)00014-1

Cited by 15 publications

(4 citation statements)

References 4 publications

Supporting

Mentioning

Contrasting

Unclassified

Order By: Relevance

“…Crystal structure of 6AC has evidenced a high-anti orientation of the base with respect to the sugar. Further studies on the 6AC structure were performed by experimental , and theoretical , methods. Theoretically, it was shown by means of a semiempirical MNDO/H method 15 that the four most energetically favorable conformers with syn, anti, high-anti, or high-syn oriented bases are stabilized with intramolecular H-bonds.…”

Section: Introductionmentioning

confidence: 99%

Comprehensive Conformational Analysis of the Nucleoside Analogue 2‘-β-Deoxy-6-azacytidine by DFT and MP2 Calculations

et al. 2007

View full text Add to dashboard Cite

A comprehensive conformational analysis of isolated 2'-beta-deoxy-6-azacytidine (d6AC), an analogue of therapeutically active 6-azacytidine (6AC), has been performed by means of ab initio calculations at the MP2/6-311++G(2df,pd)//DFT B3LYP/6-31G(d,p) level of theory. Among the 81 conformers located within a 7.83 kcal/mol Gibbs energy range at T = 298.15 K, 38 contain syn-oriented bases with respect to 2'-deoxyribose; the other conformers include anti-oriented bases. Energetic analysis of these conformers shows that conformational equilibrium of isolated d6AC at T = 298.15 K is shifted to syn conformation with a syn/anti ratio estimated as 61.4%:38.6%. As far as the sugar conformation is concerned, 40 conformers contain north (N) (with 0.3 degrees < or = P < or = 40.1 degrees), and the rest possess south (S) (with 157.1 degrees < or = P < or = 207.0 degrees) puckers, where P is the pseudorotational angle of the furanose ring. The S/N occupancy ratio is estimated as 80.2%:19.8% (T = 298.15 K). The two most stable conformers are energetically quasidegenerate and correspond to both C2'-endo/syn conformers differing only by orientation of the O3'H hydroxyl group. They are both stabilized by means of similar intramolecular H-bonds, i.e., O5'H...O2, C2'H2...O2, and C2'H2...O5'. As examined by AIM criteria, from 1 to 3 H-bonds per conformer were identified among 13 possible interactions: O5'H...O2, O5'H...N6, O3'H...O5', O5'H...O3', C1'H...O2, C2'H2...O2, C2'H2...O5', C3'H...O2, C3'H...N6, C5'H1...O2, C5'H2...O2, C5'H1...N6, and C5'H2...N6. The biological effect of d6AC is conceived as an inhibition of replicative DNA polymerase caused by an unusual orientation of the sugar residue against the base in the only A form DNA-like conformer.

show abstract

Section: Introductionmentioning

confidence: 99%

Comprehensive Conformational Analysis of the Nucleoside Analogue 2‘-β-Deoxy-6-azacytidine by DFT and MP2 Calculations

et al. 2007

View full text Add to dashboard Cite

show abstract

“…One of the in for ma tive meth ods of study on the ligand-DNA in ter ac tions is spectrophotometry which al lows not only de tect ing the ligand-DNA com plex for ma tion and but also re veal ing the char ac ter is tics of pos si ble mech a nisms of such in ter ac tion by ap pro priate mod el ling ap proaches [13,14].…”

mentioning

confidence: 99%

Spectrophotometrical study of mechanisms of cytidine analogues and ethidium bromide binding with DNA

et al. 2007

View full text Add to dashboard Cite

To study the mech a nisms of cytidine and its bi o log i cally ac tive an a logues bind ing to DNA we an a lyzed the bind ing of these lig ands to DNA in the pres ence of well-known intercalator ethidium bro mide (EtBr). Thereto, we have car ried out the de tailed spec tro pho to met ric re search of EtBr-DNA mix tures ab sorp tion in the pres ence of cytidine and its an a logues in the wide range of wave lengths and DNA con cen tra tions. Cytidine de riv a tives con tain ing aza group in the cy to sine ring (6AZC, AZAfur and AZAxyl) com pete with EtBr for the DNA bind ing sites. The bind ing con stants and bind ing site sizes of ligand-DNA com plexes were cal cu lated via ab sorp tion spec tra op ti mi za tion pro grams COMP and DALSMOD. Un mod i fied in the cy tosine ring lig ands (cytidine and Ara-C) do not com pete with EtBr for the DNA bind ing sites, how ever, they con trib ute to the change in con cen tra tion de pend en cies of ti tra tion curves in the re gion of low DNA con centra tions. This phe nom e non can be ex plained by the cytidine and Ara-C in flu ence on the DNA con for ma tion in the pres ence of EtBr at low P/D EtBr val ues, where P/D EtBr is the phos phate/EtBr ra tio.

show abstract

“…В силу того, що піримідинові основи мають як протоноакцепторні, так і протонодонорські групи, постало питання про їхню прототропну таутомерію як можливе джерело мутацій [20]. Дослідженню таутомерії піримідинових основ присвячено значну кількість робіт експериментального [6,[8][9][10][11][12][13][21][22][23][24][25][26] та теоретичного плану [10-12, 23, 27-34]. Оскільки концентрації піримідинових основ, до статні для застосування методів вивчення молеку лярної структури, можна отримати лише у воді та інших полярних розчинниках, здатних значно збу рювати молекулярну структуру розчиненої речови ни, а для оцінки впливу оточення на перебіг біохімічних реакцій потрібно знати незбурену структуру молекул-учасників, важливого значення набули експериментальні дослідження таутомерії методом 14 спектроскопії у поєднанні з матричною ізоляцією.…”

unclassified

UV spectra of pyrimidine bases and nucleosides in the context of methylsubstitution and interaction with amino acid carboxylic group

et al. 2003

View full text Add to dashboard Cite

У зневодненому ДМСО досліджено УФ спектри піримідинових нуклеотидних основу нуклеозидів, низки їхніх похідних та аналогів. Простежено вплив на УФ спектри взаємодії з нейтральною та депротонованою формами карбоксильної групи амінокислот Встановлено, що метилювання 1-го та 5-го положень піримідинових основ спричиняє батохромний зсув максимуму смуги поглинання від 5 до 12 нм. Показано, шр Cyt та більшість його похідних, за винятком т Cyt та isoCyt, специфічно взаємодіють з нейтральною карбоксильною групою. Для Ura, Thy та їхніх twxidnux, крім ckx J Ura, sfUra і dU, характерною є взаємодія лише з депротонованою карбоксильною групою. Зроблено висновок про те, що заміщення 1-го положення піримідинових основ супроводжується падінням комплексотвірної здатності з обома формами карбоксильної групи, а заміщення 5-го положення підсилює взаємодію з нейтральною карбоксильною групою та послаблює взаємодію з карбоксилат-іоном. Обговорюється біологічна значущість отриманих результатів.

show abstract

1H NMR investigation on 6-azacytidine and its derivatives

Cited by 15 publications

References 4 publications

Comprehensive Conformational Analysis of the Nucleoside Analogue 2‘-β-Deoxy-6-azacytidine by DFT and MP2 Calculations

Comprehensive Conformational Analysis of the Nucleoside Analogue 2‘-β-Deoxy-6-azacytidine by DFT and MP2 Calculations

Spectrophotometrical study of mechanisms of cytidine analogues and ethidium bromide binding with DNA

UV spectra of pyrimidine bases and nucleosides in the context of methylsubstitution and interaction with amino acid carboxylic group

Contact Info

Product

Resources

About