Viral proteases: important targets of peptidemimetic compounds.

Muri, Estela M.F.

doi:10.5935/0100-4042.20140052

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“…Proteases (peptidases) are enzymes that catalyze the hydrolysis of peptide bonds in proteins or peptides, leading to the release of peptides of variable sizes [ 22 ]. These enzymes play important roles in food science and are used in various sectors of the food industry, including meat tenderization, beverage clarification, bakery, the production of high maltose syrup, flavor enhancement, waste treatment, and the preparation of protein hydrolysates, among others.…”

Section: Proteasesmentioning

confidence: 99%

Proteases: Importance, Immobilization Protocols, Potential of Activated Carbon as Support, and the Importance of Modifying Supports for Immobilization

Santos,

de Souza Junior,

Villadóniga

et al. 2024

BioTech

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Section: Proteasesmentioning

confidence: 99%

Proteases: Importance, Immobilization Protocols, Potential of Activated Carbon as Support, and the Importance of Modifying Supports for Immobilization

Santos,

de Souza Junior,

Villadóniga

et al. 2024

BioTech

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“…Em seres humanos, as proteases representam uma classe de enzimas com importantes papéis em processos biológicos, como por exemplo a digestão, coagulação sanguínea, morte celular e diferenciação de tecido (MURI, 2014).…”

Section: Depósito De Patente No Brasilunclassified

Caracterização De Carboidratos

Granjeiro¹,

Colares²,

Valinhas³

et al. 2022

Práticas Em Bioquímica Analítica

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“…Assim, através dos resultados da docagem e da análise do mapa do potencial eletrostático pode-se inferir que os três ligantes fazem interação através das regiões nucleofílicas presentes na porção amida das estruturas, no qual o carbono da carbonila da ligação peptídica pode ser atacado pelo nucleofilo. 56 Os subsítios S1 e S2 da enzima NS3/NS2B são importantes para o reconhecimento molecular em proteases de vírus da dengue e os resultados obtidos através da docagem molecular mostraram que a porção arila dos derivados de acrilamida interagiram com o subsítio S1 da enzima, haja vista a interação do grupo nitrila com a serina catalítica. A técnica de decomposição da energia de interação por resíduos pode revelar a contribuição de resíduos chaves responsáveis pelas interações do complexo ligantereceptor.…”

Section: Percentual De Inibiçãounclassified

Molecular Modeling Study of Acrylamides Derivatives as Inhibitors of the Dengue Virus Serine Proteases NS2/NS3B

et al. 2017

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Abstract:Dengue fever is an acute viral infection caused by the mosquito of the Aedes genus, with the largest incidence in tropical and sub-tropical regions of the world. There are no specific treatments against the dengue virus, and only the symptoms resulting from the disease are treated. The NS3/NS2B serine protease enzyme is essential for the life cycle of the virus and a promising target for drug development against the virus. In this work, acrylamide derivatives obtained from the literature data were submitted to molecular modeling studies. According to the results of the molecular docking calculations and subsequent consensual analysis, which consists of a statistical treatment used to assign the same importance to the results from different programs, and visual inspection we selected three compounds, which make hydrogen bonds with the amino acid residues His51, Asp75, Ser135, Gly151 and Gly153. Thus, Molecular Dynamics simulations were performed with three selected ligands using the hybrid Quantum Mechanics/Molecular Mechanics (QM/MM) method, which the semiempirical AM1 Hamiltonian was used to describe the QM part and the OPLS-AA force field as method of Molecular Mechanics . The Root Mean Square Deviation (RMSD) graphs showed that systems were stabilized in 10 ns. Also, through the contribution of individual residues we observed that key residues, such as Ser34, Trp50, Lys73 and Gly151, were responsible for stabilization of the complex in the active site of the dengue enzyme.Keywords: Dengue; acrylamides derivatives; NS3/NS2B serine protease enzyme; molecular docking; molecular dynamics. ResumoA dengue é uma doença infecciosa aguda transmitida pelo mosquito do gênero Aedes, sendo que as áreas de maior incidência no mundo são regiões tropicais e subtropicais. Não existem tratamentos específicos contra o vírus da dengue, sendo apenas tratados os sintomas decorrentes da doença. A enzima serino protease NS3/NS2B é essencial para o ciclo de vida do vírus e um alvo promissor para o desenvolvimento de fármacos contra o vírus. Neste trabalho foram estudados compostos derivados da acrilamida obtidos da literatura, no qual foram submetidos a estudos de modelagem molecular. De acordo com os resultados da docagem molecular e subsequente análise consensual, que consiste em um tratamento estatístico usado para atribuir a mesma importância para os valores de energia em diferentes programas de docagem, e visual foram selecionados três compostos que fizeram ligação de hidrogênio com os resíduos de aminoácidos His51, Asp75, Ser135, Gly151 e Gly153. Deste modo, simulações de dinâmica molecular foram realizadas com os três ligantes usando o método híbrido Mecânica Quântica/Mecânica Molecular (QM/MM -Quantum Mechanics/Molecular Mechanics), no qual o método semiempírico AM1 foi utilizado para descrever a parte de Química Quântica e o campo de força OPLS-AA como método de Mecânica Molecular. Através dos resultados obtidos pelo gráfico do RMSD (Raiz do Desvio Médio Quadrático -Root Mean Square Deviation) observou-se que o sist...

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Viral proteases: important targets of peptidemimetic compounds.

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Caracterização De Carboidratos

Molecular Modeling Study of Acrylamides Derivatives as Inhibitors of the Dengue Virus Serine Proteases NS2/NS3B

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