As proteases são enzimas capazes de catalisar a hidrólise de ligações peptídicas e apresentam diversas aplicações biotecnológicas, sendo uma das principais enzimas empregadas nos diferentes setores industriais, especialmente na indústria de alimentos. A produção dessas enzimas através de métodos fermentativos apresenta diversas vantagens como baixo custo, rendimento elevado e produção em larga escala, porém, a presença de impurezas nos extratos obtidos no final do processo pode ocasionar diminuição no potencial biotecnológico em termos de aplicações, sendo assim, necessário técnicas que proporcionem a viabilidade da função e estrutura das proteases. O Sistema de Duas Fases Aquosas (SDFA) é uma técnica simples, econômica e com elevando rendimento de extração. Diante disso, o SDFA PEG/Citrato foi utilizado para extrair e purificar parcialmente as proteases produzidas a partir do micro-organismo Aspergillus heteromorphus URM 0269 por fermentação submersa (FSm). Para essa finalidade, foi realizado um planejamento fatorial completo 2 4 tendo como variáveis reposta o coeficiente de partição (K), recuperação (Y) e fator de purificação (FP) e as variáveis independentes estudadas foram a massa molar de PEG (MPEG), concentração de PEG (CPEG), concentração de citrato (CCITRATO) e pH. A protease apresentou maior preferência pela fase superior, rica em PEG, onde as variáveis MPEG e CCITRATO, bem como a interação entre ambas, apresentaram efeitos significativos para todas as variáveis resposta. O ensaio 5 (MPEG 400g/mol, CPEG 24% m/m, CCITRATO 20% m/m, pH 6) apresentou os melhores resultados K (9,24), Y (222,53%) e FP (1,93). A utilização do SDFA se mostrou eficiente para extração e purificação parcial da protease obtida por Aspergillus heteromorphus URM 0269 apresentando elevadas recuperações, indicando a possibilidade de aplicação na extração de proteases com potencial de aplicação industrial, especialmente na indústria de alimentos.