Fatores que interferem na qualidade do DNA extraído de amostras biológicas armazenadas em blocos de parafina

Abstract

Os avanços tecnológicos e metodológicos da biologia molecular criaram a possibilidade de obter DNA de amostras teciduais estocadas em blocos de parafina, alternativa esta que permite estudos retrospectivos de grandes bancos de tecidos contendo inúmeras doenças raras. O objetivo deste trabalho foi a realização de uma breve revisão de alguns fatores inerentes à qualidade do produto extraído proveniente de blocos de parafina armazenados. Os processos envolvidos nas fases de prefixação, fixação, pós-fixação apresentam aspectos que são causa de resultados de produtos finais insatisfatórios. Na fase de prefixação, alterações bioquímicas influenciam na preservação das macromoléculas. As mudanças moleculares causadas pelos fixadores para evitar autólise celular podem ser um limitante no momento da extração de DNA. A qualidade do DNA obtido nas duas primeiras fases é considerada importante para os procedimentos de pós-fixação (extração e purificação do DNA). Existem na literatura vários protocolos, com diferentes passos que podem ser modificados, para a obtenção de DNA de material parafinado. Assim, a compreensão das reações em cada fase é importante para solucionar ou minimizar problemas, que influenciam na qualidade das macromoléculas de DNA.

DNA extraction and purification from archival material: Revisiting the standard operating procedure

“…Furthermore, the archiving time of paraffined parts can make the DNA more susceptible to degradation. Thus, it is essential to set up appropriate extraction methods that make it possible to recover DNA from this type of material [3,4].…”

Application of a multiplex polymerase chain reaction (mPCR) assay to detect fraud by substitution of bovine meat cuts with water buffalo meat in Northern Brazil

“…According to Marengoni, Machado, and Gasparino (2006), studies that optimize the extraction of good quality DNA are important in the field of molecular biology. Scorsato and Telles (2011) assert that isolating nucleic acids from tissues with sufficient quantity, purity, and integrity is essential for ensuring that the desired regions are amplified. Extraction of DNA using proteinase K in the digestion buffer and phenol-chloroform in the purification step resulted in material with satisfactory quantity and purity for the amplification reaction.…”

Nucleic Acids Extraction from Formalin-Fixed and Paraffin-Embedded Tissues

“…Nucleic acids extraction from FFPE tissue shows some critical issues that may affect the quality of the obtained DNA or RNA as well as these samples' subsequent amplification process. Such critical matters include tissue fixing and clamping as well as the post-fixing stage (tissue cutting preparations, deparaffinization and hydration processes, in addition to other stages of the extraction process itself, such as digestion and purification), which will be described below [9].…”

“…The first biochemical modifications emerge after 10 min of anoxia. Thus, it is very important to reduce the pre-clamping time to seconds [4,9].…”

“…Fixations kept in formalin solution for more than a week destroy the nucleic acids and lead to the cross-linking of all tissue components. It results in highly fragmented nucleic acids, which are more resistant to the extraction process [2,3,9].…”