Genetic characterization of isolates of the basidiomycete Agaricus blazei by RAPD

Colauto, Nelson Barros; Dias, Eustáquio Souza; Gimenes, Marcos Aparecido; Eira, Augusto Ferreira da

doi:10.1590/s1517-83822002000200006

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“…Molecular techniques based in DNA markers, such as the random amplified polymorphic DNA (RAPD) (2,23) and the amplified fragment length polymorphism (AFLP) (18,21), are very informative and cost-effective approaches for assessing genetic diversity of a wide range of fungi, such as Agaricus blazei (6), Alternaria species (1,3,9), Erythricium salmonicolor (19), Lactobacillus (20), Metharizium anisopliae (8), and Trypanosoma (13). The main advantage of such techniques over the one-gene based assessment is the genome-wide biodiversity which does not require prior availability of sequences on databases and are therefore readily applicable to any organism.…”

Section: Introductionmentioning

confidence: 99%

Genetic variability of Brazilian isolates of Alternaria alternata detected by AFLP and RAPD techniques

Dini‐Andreote¹,

Pietrobon²,

Andreote³

et al. 2009

Braz. J. Microbiol.

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The Alternaria brown spot (ABS) is a disease caused in tangerine plants and its hybrids by the fungusAlternaria alternata f. sp. citri which has been found in Brazil since 2001. Due to the recent occurrence in Brazilian orchards, the epidemiology and genetic variability of this pathogen is still an issue to be addressed. Here it is presented a survey about the genetic variability of this fungus by the characterization of twenty four pathogenic isolates of A. alternata f. sp. citri from citrus plants and four endophytic isolates from mango (one Alternaria tenuissima and three Alternaria arborescens). The application of two molecular markers Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) and Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP) had revealed the isolates clustering in distinct groups when fingerprintings were analyzed by Principal Components Analysis (PCA). Despite the better assessment of the genetic variability through the AFLP, significant modifications in clusters components were not observed, and only slight shifts in the positioning of isolates LRS 39/3 and 25M were observed in PCA plots. Furthermore, in both analyses, only the isolates from lemon plants revealed to be clustered, differently from the absence of clustering for other hosts or plant tissues. Summarizing, both RAPD and AFLP analyses were both efficient to detect the genetic variability within the population of the pathogenic fungus Alternaria spp., supplying information on the genetic variability of this species as a basis for further studies aiming the disease control.

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Section: Introductionmentioning

confidence: 99%

Genetic variability of Brazilian isolates of Alternaria alternata detected by AFLP and RAPD techniques

Dini‐Andreote¹,

Pietrobon²,

Andreote³

et al. 2009

Braz. J. Microbiol.

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“…However, it is probable that due to different ecological conditions between their origin countries, it is still necessary to develop a proper technology for cultivating this mushroom because its production level is still very low compared to that of A. bisporus . Therefore, several research projects have been developed that aim to find better composting processes and casing layer materials (Silva, E. et al, 2007(Silva, E. et al, , 2009Cavalcante et al, 2008;Siqueira et al, 2009;Colauto et al, 2010), as well as to determine the genetic diversity of different strains used in the country (Colauto et al, 2002;Tomizawa et al, 2007). Besides this research, this species also probably has a life cycle different from classic dicariotic basidiomycetes, which makes it an excellent research system for elucidating the sexual behavior of atypical basidiomycetes (Dias et al, 2008).…”

Section: Medicinal Mushroom (Agaricus Brasiliensis)mentioning

confidence: 99%

Mushroom cultivation in Brazil: challenges and potential for growth

Dias

2010

Ciênc. agrotec.

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Mushroom cultivation is rapidly expanding in Brazil because Brazilians have discovered the medicinal and culinary value of mushrooms and their economic situation has improved. However, the horticultural technology for cultivating mushrooms under Brazilian conditions is lacking. For many years, the mushroom cultivation technology used in Brazil was adapted from developed countries whose materials and climate were different from those of Brazil. In order to exploit the Brazilian potential for mushroom cultivation it is essential to develop cultivation technology for family owned and operated rustic farms as well as for modern large scale industrial operations. Mushroom species cultivated in Brazil are discussed and some approaches for future research are suggested.Index terms: Mushroom compost, casing layer, mushroom fruiting, Agaricus, Pleurotus, Lentinula. RESUMOO cultivo de cogumelos está em franca expansão no Brasil, graças à descoberta de suas propriedades medicinais e culinárias pelo povo brasileiro e também em função da melhoria das condições econômicas. Entretanto, há ainda uma necessidade de desenvolvimento de uma tecnologia de cultivo apropriada para as condições brasileiras. Durante muitos anos, a tecnologia de cultivo de cogumelos utilizada no Brasil foi uma adaptação daquela utilizada nos países desenvolvidos, cujas condições climáticas e disponibilidade de matéria-prima são diferentes do Brasil. Portanto, para que se possa desenvolver todo o potencial brasileiro para o cultivo de cogumelos, é essencial o desenvolvimento de tecnologias de cultivo mais apropriadas para a agricultura familiar, mas também é importante o desenvolvimento tecnológico voltado para o cultivo de cogumelos em escala industrial. As principais espécies de cogumelos cultivados no Brasil são discutidas neste trabalho, além da indicação das principais necessidades de pesquisa para o futuro. Termos para indexação:Composto de cultivo, camada de cobertura, indução da frutificação, Agaricus, Pleurotus, Lentinula.

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“…Para análise, foram consideradas apenas as bandas fortes. Os dados foram analisados no programa NTSYS-PC 2.1, o qual construiu uma matriz de similaridade, utilizando o coeficiente de Dice (ROHLF, 1992 comerciais (CHIU et al, 1996;COLAUTO et al, 2002;KHUSH et al, 1992;RAMIREZ et al, 2001;ZHANG & MOLINA, 1995 Os isolados CS7 (Porto Alegre, RS), CS5 (Araçatuba, SP) e CS2 (Belo Horizonte, MG) formaram grupos distintos, apresentando níveis de similaridade genética abaixo de 96%, com médias de 91,3%, 88,7% e 60,6%, respectivamente. De todos eles, o isolado CS2 foi o que apresentou a maior divergência genética, em relação aos demais, apresentando similaridade variando de 59% (CS1 e CS3) a 65% (CS5) (Tabela 4).…”

Section: Foram Utilizados Nove Isolados De Agaricus Blazeiunclassified

“…Colauto et al (2002), caracterizando 5 isolados do cogumelo A. blazei também por análise de RAPD, verificaram que 3 deles (ABL 97/11, ABL 99/25, ABL 99/29) não apresentaram qualquer divergência, sendo caracterizados como isolados de uma mesma origem, apesar de terem sido obtidos de locais diferentes do País. Os resultados encontrados por Colauto et al (2002), no entanto, contradizem com os resultados obtidos neste trabalho, uma vez que foi encontrada uma divergência genética de 6% entre os isolados CS5 (ABL 99/25) e CS7 (ABL 99/29) e isto pode ser justificado, uma vez que um pequeno número de primers (8 primers) e isolados foram utilizados por estes autores, não encontrando nenhuma divergência genética entre eles. Contudo, os mesmos autores recomendaram que estudos adicionais deveriam ainda, ser realizados utilizando um maior número de primers e também novos isolados, com o intuito se avaliar melhor a variabilidade genética da espécie A. blazei.…”

Section: Foram Utilizados Nove Isolados De Agaricus Blazeiunclassified

“…O s resul t ados obt i dos m ost raram que os i sol ados CS7, CS5 e pri nci pal m ent e o CS2, são genet i cam ent e di vergent es em rel ação aos dem ai s, e i st o provavel m ent e pode t er si do ocasi onado pel o processo de recom bi nação genét i ca ou m ut ação, que são as font es de vari abi l i dade genética que podem ocorrer naturalm ente entre os organi sm os vi vos (COLAUTO et al, 2002;RAMIREZ et al, 2001). Labory (2003), em estudos sobre os aspectos citológicos e condições de crescimento do A. blazei, verificou que o isolado CS2 apresentou o menor número de núcleos por célula (média de 5,34) e também as menores dimensões celulares, como comprimento (49,20 m), largura (4,38 m) e menor área celular (215,50 m 2 ), em relação aos demais isolados.…”

Section: Foram Utilizados Nove Isolados De Agaricus Blazeiunclassified

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Variabilidade genética de isolados do cogumelo Agaricus blazei por meio de marcadores RAPD

et al. 2007

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RESUMOAgaricus blazei (Murrill) ss. Heinem. é um cogumelo nativo do Brasil que vem despertando a atenção de vários pesquisadores em todo o mundo, devido às suas propriedades farmacológicas e nutricionais. Este trabalho teve por objetivo, analisar a variabilidade genética de alguns isolados utilizados comercialmente, por meio de marcadores RAPD. Foram analisados nove isolados de A. blazei, provenientes de diferentes regiões do Brasil e, como controle, dois isolados de A. bisporus. Todos eles fazem parte da coleção de fungos do Laboratório de Cogumelos Comestíveis e Medicinais do DBI/UFLA. Diferentes primers aleatórios foram utilizados, gerando um total de 139 bandas polimórficas. Procedeu-se a avaliação de similaridade genética entre os isolados pelo coeficiente de Dice e análise de agrupamento pelo método UPGMA. Os resultados revelaram que dos 9 isolados de A. blazei, 6 (CS1, CS3, CS4, CS6, CS8 e CS9) apresentaram uma alta similaridade genética, sendo considerados isolados de uma mesma origem ou clones. O isolado CS2 foi o que apresentou a maior divergência genética em relação aos demais, seguido dos isolados CS5 e CS7, os quais formaram cada um, um grupo a parte, com médias de 60,6%, 88,7% e 91,3% de similaridade genética, respectivamente. Termos para indexação:Variabilidade, RAPD, Cogumelo, Agaricus blazei. ABSTRACTAgaricus blazei (Murrill) ss. Heinem. is a Brazilian native mushroom which has called the attention of several researchers all over the world due to its nutritional and pharmacological properties. The objective of this study was to evaluate the genetic variability of some isolates commercially used, using RAPD markers. Nine isolates of A. blazei were analyzed, from different regions in the country, and two isolates of the A. bisporus, which served as control group. All of them are part of the collection of mushroom of the Edible and Medicinal Mushroom Laboratory of DBI/UFLA. For RAPD analysis, different random primers were used, generating 139 polymorphic bands. The genetic similarity evaluation was proceeded between the isolates by means of Dice coefficient and grouping analysis through the UPGMA method. The results showed that from the 9 isolates of A. blazei, 6 (CS1, CS3, CS4, CS6, CS8 e CS9) have shown a high genetic similarity and these were considered isolates of the same origin or clones. The CS2 was the isolate which showed the higher genetic divergence in relation to the others, followed by the CS5 and CS7, with averages of 60.6%, 88.7% and 91.3% genetic similarity, respectively. Agaricus blazei (Murrill) ss. Heinemann é um cogumelo nativo do Brasil que se tornou mundialmente conhecido devido às suas propriedades farmacológicas e nutricionais. No Brasil, a espécie ficou conhecida popularmente como cogumelo do sol , pelo fato de crescer em campo aberto, sendo conhecido também como cogumelo piedade, cogumelo medicinal, cogumelo princesa, cogumelo-de-Deus, cogumelo da vida, cogumelo dos deuses (MIZUNO, 1995) e, mais recentemente, Champignon do Brasil (AMAZONAS, 2004). No Japão, ele é conhecido...

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Genetic characterization of isolates of the basidiomycete Agaricus blazei by RAPD

Abstract: The genetic divergence of five isolates of Agaricus blazei was determined based on RAPD data. Results indicate that there is little genetic variability among the commercialized strains and that RAPD is a feasible and low cost technique that can be used to characterize this fungus.

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Genetic variability of Brazilian isolates of Alternaria alternata detected by AFLP and RAPD techniques

Genetic variability of Brazilian isolates of Alternaria alternata detected by AFLP and RAPD techniques

Mushroom cultivation in Brazil: challenges and potential for growth

Variabilidade genética de isolados do cogumelo Agaricus blazei por meio de marcadores RAPD

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