3D-WHIM pattern recognition study for bisamidines. A structure-property relationship study

Abstract

Um modelo para a interação de bisamidinas aromáticas com o B-DNA foi estabelecido através de estudos de relações estruturas-propriedades derivadas dos cálculos de descritores tridimensionais WHIM-3D. Uma análise de componentes principais, PCA, dos descritores revelou três componentes principais significativas e agrupou as bisamidinas em diferentes conformações: estendida, semi-estendida e semifechada com interações tipo π-π e também por ligações de hidrogênio. O método SIMCA classificou as conformações de acordo com essas características. A interação das 29 bisamidinas estudadas com o B-DNA dá-se através de suas propriedades de forma, distribuição e dimensão.A proposed model for the interaction of bisamidine analogues with the B-DNA receptor is established by structure-property relationship studies derived from 3D-WHIM descriptor calculations. Three classes, each with relevant information about structural relationships, were determined by PCA and SIMCA analyses for molecular conformations described by 3D-WHIM descriptors for a set of 29 bisamidines with antileishmaniasis and anti-PCP activities. Shape, distribution and dimension properties mostly govern the interaction of bisamidines with B-DNA through the minor groove AT rich regions.

Robust and predictive 2D/3D-QSAR models for predicting the activities of novel pleuromutilin derivatives as antibacterial agents

“…This descriptor belongs to the WHIM descriptors, which is weighted by atomic masses. WHIM descriptors are 3D structural descriptors derived from the x, y, z atomic coordinates of a molecular conformation of a compound which have been applied in various QSAR modelling of physicochemical properties as well as biological activities and in molecular similarity studies [42][43][44][45][46][47]. Different features of the compound, including size, shape, symmetry and atom distribution and density, are captured.…”

25 anos de quimiometria no Brasil

“…No Brasil, os trabalhos usando métodos classificatórios em química ainda são poucos, sendo a maior parte voltada para a busca de relações entre estrutura molecular e atividade biológica, usando valores calculados por química quântica ou propriedades empíricas das moléculas [38][39][40] . Por outro lado, o interesse cada vez maior pela análise de amostras para fins de caracterização de ecossistemas e suas modificações antrópicas tem provocado um aumento significativo no uso dos métodos de análise exploratória, principalmente ACP e AAH, para estudar amostras naturais, como rochas, solos, ar, água e sedimentos.…”

Análise quimiométrica de seletividade nos sítios ativos de cisteíno proteases da família da papaína para o estudo de substâncias antiparasitárias e antineoplásicas

“…O destaque de pontos seletivos feito a partir da interpretação da PCA, descrita nas etapas sequentes, foram feitas para as proteínas CatK, CatS e Cz, como teste de hipótese do modelo desenvolvido. Acredita-se que a análise possa se estender a qualquer nova estrutura depositada que pertença as famílias estudadas através de um modelo quimiométrico soft independent modeling of class analogies (SIMCA) 230 , ou que o modelo possa ser ampliado através da inclusão de classes de proteínas da mesma família da papaína.…”