A pancitopenia é caracterizada pela redução nas três linhagens de células sanguíneas. Essa patologia pode ser de origem primária ou secundária, apresentando diversas etiologias e mecanismos, como infecções, afecções da medula óssea, deficiências nutricionais ou sequestro esplênico. Devido aos inúmeros diagnósticos diferenciais, o objetivo desse trabalho é relatar a investigação do caso de um paciente com pancitopenia, buscando esclarecer sua etiologia. Trata-se de um paciente masculino, de 64 anos, proveniente do interior de Minas Gerais, que procurou o serviço de saúde por um quadro febril associado a sintomas urinários. Na admissão foram realizados exames laboratoriais que identificaram pancitopenia e sorologia positiva para HIV, repetida e confirmada. Ao exame físico notou-se uma massa abdominal em topografia do baço, sugerindo esplenomegalia. Para investigação desse achado foi solicitado um ultrassom abdominal evidenciou hepatopatia esquistossomótica e hipertensão portal, confirmando o diagnóstico de esquistossomose. Com isso, buscou-se estabelecer uma correlação entre os mecanismos fisiopatológicos da esplenomegalia e da pancitopenia com os diagnósticos de esquistossomose e de HIV.