Pintos de corte com um dia de idade foram tratados com microbiota cecal cultivada em condição de aerobiose, nos tempos de congelamento de 90, 200, 290 e 360 dias, e associada aos crioprotetores sacarose, trealose, dimetilsulfóxido (DMSO) e glicerol. Posteriormente as aves foram desafiadas com Salmonella Enteritidis, visando determinar a eficácia dos tratamentos em relação à quantidade de bactérias viáveis da microbiota que foi maior aos 90 dias (10,58 Log10 UFC/ml), quando as aves foram tratadas com sacarose, e menor aos 290 dias, quando tratadas com glicerol (7,73 Log10 UFC/ml). No tempo zero, todas as aves apresentaram Salmonella (100%) quando tratadas com DMSO e glicerol, com colonização cecal de 4,9 e 5,2 Log10 UFC/g do conteúdo cecal, respectivamente; aos 360 dias nenhuma ave foi infectada, independente do tratamento. A microbiota cecal, independente de tratamento, sempre determinou menor quantidade de S. Enteritidis em qualquer um dos parâmetros pesquisados, quando comparada com a das aves não tratadas. O congelamento em nitrogênio líquido foi eficaz na manutenção da viabilidade da microbiota cecal até 360 dias.