Diversidade de Phytophthora parasitica isolados de Citrus usando seqüências de nucleotídeos da região ITS-5.8S rDNA

Abstract

Phytophthora parasitica is been considered one of the most prevalent citrus soilborn pathogens in Brazil. Fourteen isolates were collected in different region of São Paulo state. Amplification of the ITS region using primers ITS1 and ITS2 produced DNA fragments of 812 to 860 bp, that were compared with other sequences obtained to Gene Bank (NCBI). Neighbor-joining analysis, with 1000 RESUMORealizou-se estudo para caracterização e verificação da diversidade genética de Phytophthora parasitica, agente causador da gomose dos citros. Quatorze isolados de Phytophthora parasitica, provenientes do Estado de São Paulo, foram seqüenciados a partir das regiões internas transcritas (ITS1 e ITS2) do gene 5.8S. Obtiveram-se seqüências de 812 pb a 860 pb que foram comparadas com seqüências de outras espécies de Phytophthora spp depositadas no NCBI. Foram feitos estudos filogenéticos, utilizando-se o método "neighbor-joining" com 1000 "bootstrap" e construído o dendrograma mais representativo. Obtiveram-se os resultados de 98,88% a 100% de similaridade genética entre os 14 isolados paulistas, e 99,5% a 98,8% entre estes e a seqüência de P. nicotianae (gi| 8927482) obtida do GenBank -NCBI. bootstrap revealed an average similarity of 99,3 to 100% between the isolates, and 98,1 to 99,9% between S. Paulo state isolates and P. nicotianae (= Phytophthora parasitica) obtained from the Gene Bank (gi|8927482). The ITS1 was more conserved than to the ITS2. This is a good tool for quick diagnosis of Phytophthora citrus diseases.Additional keywords: citrus gummosis; ITS, Phylogenetic, Ribosomal DNA.O gênero Phytophthora, estudado desde o início da fitopatologia (1), abrange patógenos destrutivos a inúmeras espécies de plantas no mundo, tendo sido descritas mais de 60 espécies. Phytophthora parasitica Dastur (= Phytophthora nicotianae var. parasitica Breda de Haan) é uma das muitas estudadas e conhecidas devido aos danos que causa à cultura dos citros. É comum nas regiões subtropicais e, hoje, é uma das espécies mais significativas dentro do complexo de doenças Citrus/Phytophthora. Classificada, taxonomicamente, como pertencente ao reino Chromista, este patógeno é um dos agentes causais da gomose dos citros, que compreende, atualmente, 11 espécies de Phytophothora relacionadas como patógenos agentes causais em plantas cítricas no mundo todo (3).A classificação taxonômica clássica de Phytophthora parasitica leva em consideração importantes critérios, tais como: forma e natureza do esporângio, forma de inserção do anterídio com o oogônio e seletividade de hospedeiros (9).As técnicas moleculares vêm se tornando de grande auxilio na taxonomia, através de sequenciamento de regiões conservadas, como aquelas presentes nos nucleotídeos das regiões internas transcritas (ITS1 e ITS2) dos genes ribosomais (rDNA), já foram utilizadas, anteriormente, na taxonomia de Phytophthora (7). A região ITS1-5.8S-ITS2 também tem sido muito utilizada para fins de filogenia por ser conservada dentre espécies e com baixas variações dentro do gênero (2). As s...

Diversity of citrus gummosis in São Paulo State, Brazil

“…There are conflicting findings concerning intraspecific variability of P. nicotianae from citrus in the literature since 24 citrusinfecting P. nicotianae from India were distributed in different clusters (20), whereas one single clade grouped isolates from Philippines, Italy, Syria, California and Florida (15). The genetic diversity verified in this study contrasting with the high similarity observed by Rosa et al (23) is another case of discrepancy of P. nicotianae (from São Paulo State, this time) and can be credited to different pathogen isolates and a larger number of isolates examined in our study.…”

“…One of the few studies on the genetic diversity of P. parasitica from different regions of São Paulo State showed high genetic similarity among 14 isolates based on ITS1 and ITS2 of 5.8S gene, suggesting single origin and subsequent spread across municipalities through contaminated seedlings (23). Nevertheless, that study examined isolates from soils collected in 1995, well before the implementation of the state regulation on the use of substrate in 2003; no information is available on pathogen diversity after the replacement of soil with substrate in citrus nursery trees.…”