Trypanosoma cruzi, Leishmania spp., Toxoplasma gondii e Plasmodium spp. apresentam mecanismos de patogenicidade que contribuem para a sobrevivência intracelular. O objetivo desta revisão é discutir os mecanismos patogênicos envolvidos na relação parasito-hospedeiro. Cada um desses protozoários possui mecanismos específicos para invasão, formação do vacúolo parasitóforo, desenvolvimento, obtenção de nutrientes e evasão do sistema imune. Dentre os fatores moleculares que contribuem para a virulência e patogenicidade destacamse as mucinas, a glicoproteína 160 e a cruzipaína para o T. cruzi; os lipofosfoglicanos e a glicoproteína de superfície principal para a Leishmania spp.; as proteínas das roptrias (ROP) e as proteínas quinases para o Toxoplasma gondii e as proteínas ROP, a proteína ligante de eritrócitos, o antígeno PfEMP1 (do inglês P. falciparum Erythocyte Membrane Protein-1) e a hemozoína para os Plasmodium spp. Os mecanismos descritos fornecem informações que contribuem para o entendimento dos processos patogênicos, assim como para descoberta de alvos terapêuticos e o planejamento de novos fármacos e métodos diagnósticos. Palavras-chave: Protozoários intracelulares. Mecanismos de patogenicidade. Relação parasito-hospedeiro.