Hibridização reversa e sequenciamento na genotipagem do vírus da hepatite C

Abstract

RESUMOIntrodução: Os métodos de genotipagem do vírus da hepatite C têm sido muito discutidos. O objetivo deste trabalho foi comparar as metodologias de hibridização reversa e sequenciamento direto para a genotipagem do vírus da hepatite C. Métodos: Noventa e uma amostras de plasma de pacientes assistidos na Faculdade de Medicina de Botucatu da Universidade Estadual Paulista foram utilizadas. A genotipagem por hibridização reversa foi realizada utilizando o kit comercial INNO-LiPA  v.1.0. O sequenciamento direto foi efetuado em sequenciador automático utilizando protocolos in house. Resultados: A genotipagem por sequenciamento direto mostrou-se eficiente na resolução dos resultados inconclusivos pelo kit comercial. O kit mostrou resultados errôneos em relação à subtipagem viral. Além disso, a genotipagem por sequenciamento direto revelou um erro do kit com relação à determinação genotípica questionando a eficiência do método também para a identificação do genótipo viral. Conclusões: A genotipagem realizada por meio de sequenciamento direto permite uma maior acurácia na classificação viral quando comparada à hibridização reversa Palavras-chaves: Vírus da hepatite C. Genotipagem. Hibridização reversa. Sequenciamento direto. ABSTRACT Introduction:The methods for genotyping the hepatitis C virus have been much discussed. The aim of this study was to compare the methodologies of reverse hybridization and direct sequencing for genotyping the hepatitis C virus. Methods: Ninety-one plasma samples from patients attended at the Botucatu Medical School, São Paulo State University, were used. Genotyping by reverse hybridization was performed using the INNO-LiPA  v.1.0 commercial kit. Direct sequencing was performed in an automated sequencer using in-house protocols. Results: Genotyping by direct sequencing was shown to be efficient for resolving cases that had remained inconclusive after using the commercial kit. The kit showed erroneous results in relation to virus subtyping. Moreover, direct sequencing revealed an error of the kit regarding the genotypic determination, thereby raising doubts about the efficiency of reverse hybridization for identifying the virus genotype. Conclusions: Genotyping by direct sequencing allowed greater accuracy of virus classification than did reverse hybridization.

Platelets can be a biological compartment for the Hepatitis C Virus

“…HCV genotyping was performed in plasma and platelet samples using 5′ UTR and core genomic region according to Levada et al. (2010) .…”

“…After the last washed, the supernatant was used as source to RT-PCR for HCV identification according Levada et al. (2010) for evaluate any possibility of contamination with serum HCV.…”

HCV genotype 4 circulating in the city of Franca, São Paulo state, Brazil

“…Discordant results in genotype 4 subtyping through sequencing and reverse hybridization have been previously reported by Zekri et al, 4 as well as in other genotypes. 5 Case reports as the one described here are important to characterize the epidemics and to detect variation in genotype distribution in the country, as well as to promote epidemiological surveillance and acquire information about the virus introduction and transmission routes in the country.…”