hsp65 PCR-restriction enzyme analysis (PRA) for identification of mycobacteria in the clinical laboratory

Abstract

SUMMARYMore than 70 species of mycobacteria have been defined, and some can cause disease in humans, especially in immunocompromised patients. Species identification in most clinical laboratories is based on phenotypic characteristics and biochemical tests and final results are obtained only after two to four weeks. Quick identification methods, by reducing time for diagnosis, could expedite institution of specific treatment, increasing chances of success. PCR restriction-enzyme analysis (PRA) of the hsp65 gene was used as a rapid method for identification of 103 clinical isolates. Band patterns were interpreted by comparison with published tables and patterns available at an Internet site (http://www.hospvd.ch:8005). Concordant results of PRA and biochemical identification were obtained in 76 out of 83 isolates (91.5%). Results from 20 isolates could not be compared due to inconclusive PRA or biochemical identification. The results of this work showed that PRA could improve identification of mycobacteria in a routine setting because it is accurate, fast, and cheaper than conventional phenotypic identification.

Rapid detection and differentiation of mycobacterial species using a multiplex PCR system

“…In Brazil, the PRA-hsp65 technique proposed by Telenti et al 13 , and Devallois et al 14 has enabled the identifi cation of several species of NTM, the results of which correlated well with those from biochemical identification [13][14][15][16][17] . Beyond the molecular techniques, the sequencing of the specifi c genes rpoB and hsp65 has become the gold standard for identifying mycobacteria 18,19 .…”

Use of PCR for detection of bovine tuberculosis bacillus in milk of positive skin test cows

“…Mycobacterium (SILVA et al, 2001) and submitted to the PCR under the same conditions used by Hermans et al (1990), to confirm the sensitivity and specificity of the primers.…”

Identificación de Haemophilus influenzae, Streptococcus pneumoniae y Neisseria meningitidis por reacción en cadena de la polimerasa

“…Se ha observado una buena correlación entre PCRanálisis de restricción y los métodos de identificación fenotípica de aislamientos en Brasil, y además, una buena relación costo-beneficio (17).…”

“…En conclusión, el PCR-análisis de restricción es una alternativa para la identificación de especies de micobacterias no tuberculosas, rápida, económica y segura para la identificación de micobacterias patógenas y potencialmente patógenas, (17). La determinación del subtipo de cada especie de micobacterias no tuberculosas identificada es importante debido a la diferencia en la virulencia de cada subtipo y a la capacidad de producir enfermedad en el humano, como se ha establecido para M. abscessus y M. avium (29,30).…”

“…Actualmente, el estudio del gen hsp65, común en todas las micobacterias, y la descripción de la metodología de identificación molecular mediante reacción en cadena de la polimerasa PCR-análisis de restricción (16) han sido adoptados por muchos grupos de trabajo para la diferenciación de especies de micobacterias no tuberculosas (14,(16)(17)(18)(19); inclusive, en la diferenciación de M. canetti dentro del complejo M. tuberculosis y en el estudio de M. leprae (20). Ante la facilidad del método de PCR-análisis de restricción, en el mundo se han realizado una serie de estudios para lograr su estandarización y probar la reproducibilidad de la técnica (21).…”