As micoses tiveram um significativo aumento nos últimos anos e dentre elas as candidíases constituem um sério problema médico, pela sua elevada taxa de morbidade e mortalidade. Com o aumento de casos de Síndrome de Imunodeficiência Adquirida os casos de criptococose aumentaram acentuadamente. Neste estudo foi avaliada a prevalência de casos de Candida spp. e Cryptococcus spp. em hemocultivos de pacientes no Hospital Universitário de Santa Maria - HUSM entre janeiro a dezembro de 2006, bem como sexo, idade e doença predisponente; 37 de 4336 amostras coletadas para análise de hemocultura realizada no ano de 2006 no HUSM (0,85%) foram positivas para fungos, dentre estas 70,2% positivas para Candida spp. prevalecendo o sexo feminino e 29,8% positivas para Cryptococcus spp. prevalecendo o sexo masculino. Estas fungemias acometeram pacientes na faixa de recém nascidos a 84 anos de idade. Concluiu-se que o exame, por meio de hemocultura, é a melhor forma de diagnóstico em fungemias.