Padronização da técnica de extração de DNA de células de mucosa oral com NaCl: aplicação no estudo do gene PROP1

Abstract

DNA extraction of peripheral leukocytes is the most broadly used technique to obtain DNA. However, cell collection from an oral swab, frequently used in forensics, is useful to obtain DNA samples, mainly in newborns, children and patients who live far from the collection sites, where blood sample collection and sending is not feasible. Our objective was to standardize DNA extraction from an oral swab, using the NaCl method, comparing it with a commercial kit. To test DNA quality, we amplified the 3 exons of PROP1 gene of 12 patients with hypopituitarism in DNA obtained from oral cells and peripheral blood cells. Amplification of larger fragments was tested in oral DNA of normal subjects using primers of exon 10 of FSHR gene (1000 bp) and of CYP21A2 gene (1200 bp). Both methods yielded good quality DNA, allowing the amplification of 3 exons of PROP1 gene. The NaCl method showed to be faster and less expensive, resulting in a larger amount of DNA when compared to the commercial kit. We identified the delAG301-302 mutation in 6 patients, 4 in homozygous (33%) and 2 in heterozygous (16%) state and G51A mutation in heterozygous state in a single patient. In conclusion, we standardized the DNA extraction of oral cells with NaCl, which presented lower costs and faster results, when compared with the extraction by a commercial kit indicating that DNA from oral swabs are a reliable source for genetic studies.

Study of the association between 3111T/C polymorphism of the CLOCK gene and the presence of overweight in schoolchildren

“…A distribuição genotípica com relação ao polimorfismo 3111 T/C do gene CLOCK foi de 4% de crianças homozigotas Duração do sono (horas) 8,5 (7,4-9,9) 8,4 (7,3-9,5) 8,2 (7,3-9,4) 0,70 Hora que dorme a 22 (21,7) 22 (21)(22) 22 (21)(22)5) 0,43 Hora que acorda a 6,5 (6,0-8,0) 7,0 (6,0-8,0) 6,6 (6,0-9,0) 0,75 Duração do sono a 9,0 (8,1-10,0) 10,0 (9,0-10,5) 9,9 (8,6-10,5) 0,21 Z de IMC a 0,6 (−0,1-1,5) 0,1 (−0,7-1,0) 0,2 (−0,6-,5) 0,43 Excesso de peso (%) 31% 13% 20% 0,66 a mediana (Intervalo interquartílico).…”

Fatores que interferem na qualidade do DNA extraído de amostras biológicas armazenadas em blocos de parafina

“…Além disso, o método necessita de grande número de fases no processo laboratorial. Esse fato fez que, atualmente, pesquisadores buscassem alternativas para a extração de DNA, tanto em materiais parafinados como em amostras fora dessas condições (1,32) . Uma alternativa é o protocolo de salting-out, que utiliza uma solução de NaCl, ou raramente acetato de amônia para precipitar as proteínas e tradicionalmente acetato de amônia para precipitar ácido nucleico.…”

Adaptação de um método de extração de DNA a partir de células da mucosa bucal baseado em parâmetros de qualidade / Adaptation of a DNA extraction method from buccal mucosa cells based on quality parameters

“…Os voluntários foram orientados a realizar enxágue bucal com 10mL de água destilada (Abrão et al, 2005). Em seguida foi feita a coleta de células epiteliais da mucosa bucal com auxílio de dois swabs (duplicata) friccionando delicadamente a parte interna da bochecha com 10 movimentos verticais repetitivos na parede anterior direita e esquerda a fim de evitar qualquer reação vagal do paciente.…”