O estudo objetivou caracterizar a diversidade genética em duas populações de Mimosa scabrella Benth. (bracatinga) em Lages-SC, Região Sul do Brasil, situadas em Floresta Ombrófila Mista Montana com paisagens distintas. A população da Fazenda Experimental da UDESC encontra-se em região com histórico de uso para agricultura e pecuária em passado recente. No Parque Natural Municipal a população situa-se em Unidade de Conservação, apresentando grande parte dos indivíduos aglomerados e confinados na Floresta Ombrófila Mista preservada, embora com histórico de exploração seletiva de madeira no passado. Por análises isoenzimáticas, foram interpretados genótipos de 50 indivíduos adultos de cada população, para nove locos isoenzimáticos (PGI, 6PGDH, PGM, SKDH, IDH, PRX, ME, β-EST e DIA). Com o programa estatístico GenAlEx. 6.5 foram estimados valores médios dos parâmetros de diversidade genética em ambas as populações, sendo estes comparados por Intervalos de Confiança a 95%. Dentre os parâmetros de diversidade genética, algumas estimativas nas respectivas populações da Fazenda Experimental e do Parque Natural foram: polimorfismo nos locos (P%): 88,8 e 100; número de alelos por loco (Â): 3,555 e 3,444; heterozigosidade observada (Ho): 0,427 e 0,309 e heterozigosidade esperada (He): 0,469 e 0,362. Conclui-se que não há evidências de que a diversidade genética de M. scabrella tenha sido influenciada pelos diferentes históricos de uso das paisagens onde se localizam ambas as populações.