Re-discovering jaguar in remaining coastal Atlantic Forest in southeastern Brazil by non-invasive DNA analysis

Abstract

Jaguar populations have been declining in Brazil mostly due to habitat loss and fragmentation, conflict with humans, poaching and reduction of prey. This is dramatically true in the Atlantic Forest, where occurrence of this large felid is now restricted to very few remaining areas. We used a non-invasive DNA analysis to search through felid scats collected in the Santa Virginia Unit (SVU) of the Serra do Mar State Park, to test for the potential presence of jaguar there. Our results indicated at least three individuals (two females and one male) inside SVU, thus confirming at least temporary presence of this top predator in this important protected area. It is now crucial to intensify studies in that area and surroundings, to evaluate the status of these individuals and identify conservation needs to urgently improve the prospects for the establishment of a resident population, allowing it to expand to adjoining units of the Serra do Mar State Park and Serra da Bocaina National Park. Keywords: Panthera onca, fecal DNA, Santa Virginia Unit, Serra do Mar State ParkRedescobrindo a onça-pintada em um remanescente de Mata Atlântica costeira no sudeste do Brasil por análise não-invasiva de DNA Resumo: As populações de onça-pintada têm sofrido declínio populacional devido a perda e fragmentação de habitat, por conflito com humanos, através da caça e pela redução da disponibilidade de suas presas. Isso é particularmente drástico no bioma Mata Atlântica, onde a ocorrência desse grande felino está atualmente restrita a poucos remanescentes. Utilizamos análise de DNA a partir de amostras de fezes para verificar a pontencial presença da espécie no Núcleo Santa Virgínia (NSV) do Parque Estadual da Serra do Mar. Os resultados indicaram a ocorrência pelo menos esporádica de três indivíduos (duas fêmas e um macho) no interior do NSV. Com isso, se torna crucial agora intensificar estudos naquela unidade e em áreas adjacentes, para avaliar a situação desses indivíduos e identificar as necessidades mais urgentes de conservação para melhorar a probabilidade de estabelecimento de uma população residente da espécie, permitindo que ela possa expandir para unidades de conservação vizinhas, como outros núcleos do Parque Estadual da Serra do Mar e o Parque Nacional Serra da Bocaina.

Large-scale assessment of genetic diversity and population connectivity of Amazonian jaguars (Panthera onca) provides a baseline for their conservation and monitoring in fragmented landscapes

“…This strengthens the previous evidence indicating that the marked change in allele frequencies in the inland populations of that biome has caused a genetic differentiation that reflects its contemporary, fast degradation (Haag et al, 2010;Valdez et al, 2015). In fact, the magnitude of the deforestation rates in the Atlantic Forest implies that very few jaguar demes are left in that biome (Paviolo et al, 2016) other than those surveyed by Haag et al (2010), Souza et al (2017), andSrbek-Araujo et al (2018), and has already propitiated defaunation and cascade effects across the region (Jorge et al, 2013). Thus, management actions such as restoring connectivity through riparian and mountainous corridors are urgently needed (Castilho et al, 2015), using spatially-explicit approaches on gene flow (Reddy et al, 2017).…”

“…Green Corridor), likely represented by alleles. However, its size and degree of isolation make it almost impossible to maintain gene flow with other coastal subpopulations persisting in that biome, such as that described by Souza et al (2017), or in nearby biomes such as the Cerrado and Caatinga. This strengthens the previous evidence indicating that the marked change in allele frequencies in the inland populations of that biome has caused a genetic differentiation that reflects its contemporary, fast degradation (Haag et al, 2010;Valdez et al, 2015).…”

Biodiversity Management and Research in Multifunctional Landscapes

“…In another example, the jaguar Panthera onca believed locally extinct in an Atlantic Forest remaining was re-discovered through molecular feces analyses (Souza et al 2017). Fecal DNA has been useful to infer about gene flow, animal movement and population connectivity, and population genetics of maned-wolf Chrysocyon brachyurus (Ramalho et al 2014) and ocelot Leopardus pardalis (Figueiredo et al 2015), besides cougar (Miotto et al 2011;Saranholi et al 2017).…”

Dna Barcoding Confirma a Ocorrência De Espécies Amazônicas Na Ictiofauna Do Rio Turiaçu, Maranhão/Brasil

“…O uso das amostras não invasivas em conjunto com técnicas moleculares tem permitido a obtenção de informações muito ricas, como a identificação molecular da espécie depositora das fezes (CHAVES, 2012;FARREL, 2000;RODRÍGUEZ-CASTRO, 2018;SOUZA, 2017). Também é possível realizar a individualização e a sexagem das amostras, permitindo avaliar questões como a distribuição dos indivíduos, área de vida, tamanho mínimo populacional e densidade (DEAGLE, 2007;HEDMARK, 2004;LIVIA, 2007;MIOTTO, 2014;SOUZA, 2012.…”

“…Diversos trabalhos desenvolveram os chamados mini-barcodes, ou seja, pequenas sequências de DNA capazes de identificar a espécie a partir deste marcador (ADRADOS, 2018;CHAVES, 2012;FARRELL, 2000;HAAG, 2009;RODRÍGUEZ-CASTRO, 2018). O seu emprego tem permitido a confirmação de ocorrência de espécies elusivas em áreas onde as mesmas não eram mais registradas através de outros métodos de detecção (SOUZA, 2017).…”