Background The dual infection with SARS-CoV-2 is poorly described and is currently under discussion. We present a study of two strains of SARS-CoV-2 detected in the same patient during the same disease presentation. Case presentation A patient in their 90 s was hospitalised with fever. Oropharyngeal swab obtained on the next day (sample 1) tested positive for SARS-CoV-2. Five days later, the patient was transferred to the ICU (intensive care unit) of the hospital specialising in the treatment of COVID-19 patients, where the patient's condition progressively worsened and continuous oxygen insufflation was required. Repeated oropharyngeal swab (sample 2), which was taken eight days after the first one, also tested positive for SARS-CoV-2. After 5 days of ICU treatment, the patient died. The cause of death was a coronavirus infection, which progressed unfavourably due to premorbid status. We have performed sequencing of full SARS-CoV-2 genomes from oropharyngeal swabs obtained eight days apart. Genomic analysis revealed the presence of two genetically distant SARS-CoV-2 strains in both swabs. Detected strains belong to different phylogenetic clades (GH and GR) and differ in seven nucleotide positions. The relative abundance of strains was 70% (GH) and 30% (GR) in the first swab, and 3% (GH) and 97% (GR) in the second swab. Conclusions Our findings suggest that the patient was infected by two genetically distinct SARS-CoV-2 strains at the same time. One of the possible explanations is that the second infection was hospital-acquired. Change of the dominant strain ratio during disease manifestation could be explained by the advantage or higher virulence of the GR clade strain.
Проблемы особо опасных инфекций. 2016, вып. 4 42 Problemy Osobo Opasnykh Infektsii [Problems of Particularly Dangerous Infections]сибирская язва -особо опасная бактериальная зоонозная инфекция, способная благодаря длитель-ному сохранению в почве спор Bacillus anthracis со-хранять угрозу возвращения и повторных вспышек на пораженных территориях в течение многих деся-тилетий. основным источником инфекции для чело-века является больное животное или его труп, факто-рами передачи -продукты животноводства, почва и другие объекты окружающей среды.на территории российской Федерации насчиты-вается свыше 35 тыс. стационарно неблагополучных по сибирской язве пунктов (снп), в которых учте-но около 8 тыс. сибиреязвенных скотомогильников. при этом существует высокая вероятность наличия значительного количества неучтенных сибиреязвен-ных захоронений [2]. за последние 20 лет, в период с 1996 по 2015 год, в российской Федерации. по сравнению с пред-ыдущим двадцатилетним периодом (1976)(1977)(1978)(1979)(1980)(1981)(1982)(1983)(1984)(1985)(1986)(1987)(1988)(1989)(1990)(1991)(1992)(1993)(1994)(1995) в 2016 г. на территории ямало-ненецкого автономного округа возникла эпидемия сибирской язвы, при этом заболело 2650 северных оленей. в результате контакта с больными и павшими животными за-болело 36человек с одним летальным исходом. проведенный в полном объеме комплекс противоэпиде-мических, противоэпизоотических и профилактических мероприятий, оперативная организация работы на региональном уровне позволили в максимально короткие сроки локализовать крупный очаг сибирской язвы. на основании опыта работы во время вспышки определены пути дальнейшего совершенствования эпидемиологического надзора и профилактики сибирской язвы в современных условиях.Ключевые слова: сибирская язва, эпизоотия, северные олени, противоэпидемические мероприятия. In 2016, in the territory of Yamalo-Nenets Autonomous District an outbreak of anthrax took place, 2650 reindeers were infected. As a consequence of contacts with affected and fallen animals, 36 cases of human infection occurred, of which one was fatal. Performed full-extent complex of anti-epidemic, anti-epizootic, and preventive measures, prompt organization of operations at the regional level allowed for localization of large-scale anthrax focus within the minimum possible time. Based on the lessons learned, identified were the ways to further enhancement of epidemiological surveillance and prophylaxis of anthrax under current conditions.
Background: The effect of SARS-CoV-2 mutations and viral load on the severity of COVID-19 is not well understood. The possibility of reinfection with SARS-CoV-2 has already been reported, but dual infection with SARS-CoV-2 is poorly described and is currently under discussion. We describe a study of two strains of SARS-CoV-2 detected in the same patient during the same disease presentation. Methods: Two nasopharyngeal swabs were obtained eight days apart from the patient in their 90s, diagnosed with lobar pneumonia (J18.1). Both tests were positive for SARS-CoV-2 with high viral load (Ct = 13). We have performed high-throughput sequencing of SARS-CoV-2 genomes from both swabs. Findings: Genomic analysis of SARS-CoV-2 revealed the presence of two genetically distant strains in both swabs. Detected strains belong to different phylogenetic clades (GH and GR) and differ in the seven nucleotide positions. The relative abundance of strains was 70% (GH) and 30% (GR) in the first swab, and 3% (GH) and 97% (GR). Interpretation: Our findings suggest that the patient was infected by two genetically distinct SARS-CoV-2 strains at the same time. One of the possible explanations is that the second infection occurred in the hospital. Change of the dominant strain ratio during disease manifestation could be explained by the advantage or higher virulence of the strain belonging to the clade GR.
Цель исследования -изучить закономерности, свойственные эпидемическому процессу COVID-19, в условиях мегаполиса, в фазах подъёма, стабилизации и снижения заболеваемости, а также оценить эффективность противоэпидемических мероприятий. Материал и методы. Проведено комплексное изучение распространения SARS-CoV-2 в Москве с использованием эпидемиологического, молекулярно-генетического и статистического методов исследования в период пандемии COVID-19. Результаты и обсуждение. Показано, что применение максимально жёстких организационно-ограничительных мер в масштабах Москвы, обеспечивающих разрыв механизма передачи SARS-CoV-2, и высокая дисциплина населения по исполнению режима самоизоляции позволили не допустить экспоненциального роста заболеваемости COVID-19. Анализ динамики выявления новых случаев COVID-19 показал, что эффект от применения мер по разобщению и режима самоизоляции в условиях мегаполиса наступает через временной промежуток, равный 3,5 инкубационного периода, при его максимальной длительности 14 дней. Установлено, что показатель частоты определения РНК SARS-CoV-2 среди условно здорового населения и его динамика -важные параметры мониторинга, особенно на фазах роста и стабилизации заболеваемости COVID-19, позволяющие в перспективе 1-2 инкубационных периодов (14-28 дней) прогнозировать развитие эпидемиологической ситуации. Общий коэффициент летальности, рассчитанный за период наблюдения (06.03.2020-23.06.2020) в Москве, составил 1,73%. Заключение. В результате проведённого эпидемиологического анализа ситуации с COVID-19 в Москве определены некоторые закономерности распространения SARS-CoV-2 и оценена эффективность противоэпидемических мероприятий, направленных на разрыв механизма передачи возбудителя.
scite is a Brooklyn-based organization that helps researchers better discover and understand research articles through Smart Citations–citations that display the context of the citation and describe whether the article provides supporting or contrasting evidence. scite is used by students and researchers from around the world and is funded in part by the National Science Foundation and the National Institute on Drug Abuse of the National Institutes of Health.
hi@scite.ai
10624 S. Eastern Ave., Ste. A-614
Henderson, NV 89052, USA
Copyright © 2024 scite LLC. All rights reserved.
Made with 💙 for researchers
Part of the Research Solutions Family.