Validation of reference genes for quantitative real-time PCR studies in the dentate gyrus after experimental febrile seizures

Abstract

BackgroundQuantitative real-time PCR (qPCR) is a commonly used technique to quantify gene expression levels. Validated normalization is essential to obtain reliable qPCR data. In that context, normalizing to multiple reference genes has become the most popular method. However, expression of reference genes may vary per tissue type, developmental stage and in response to experimental treatment. It is therefore imperative to determine stable reference genes for a specific sample set and experimental model. The present study was designed to validate potential reference genes in hippocampal tissue from rats that had experienced early-life febrile seizures (FS). To this end, we applied an established model in which FS were evoked by exposing 10-day old rat pups to heated air. One week later, we determined the expression stability of seven frequently used reference genes in the hippocampal dentate gyrus.ResultsGene expression stability of 18S rRNA, ActB, GusB, Arbp, Tbp, CycA and Rpl13A was tested using geNorm and Normfinder software. The ranking order of reference genes proposed by geNorm was not identical to that suggested by Normfinder. However, both algorithms indicated CycA, Rpl13A and Tbp as the most stable genes, whereas 18S rRNA and ActB were found to be the least stably expressed genes.ConclusionsOur data demonstrate that the geometric averaging of at least CycA, Rpl13A and Tbp allows reliable interpretation of gene expression data in this experimental set-up. The results also show that ActB and 18S rRNA are not suited as reference genes in this model.

APOE‐modulated Aβ‐induced neuroinflammation in Alzheimer's disease: current landscape, novel data, and future perspective

“…; Swijsen et al . ), and to decrease with age (from post‐natal days 7–6 months) in the cerebellum of mice (Boda et al . ).…”

Epidemiological characterization of febrile seizure in a city of Carabobo, Venezuela

“…Respecto al tratamiento anticonvulsivante de la crisis este se aplicó a 56,5% de los niños afectados, pero en ninguno se instauró el tratamiento de mantenimiento, a pesar de la amplia aceptación que se tiene de este como profiláctico sobre la repetición de las crisis febriles, porque, exclusivamente un tercio de los niños así tratados repetirán episodios posteriores, se cree que la negativa a la instauración sean los conocidos efectos adversos del uso crónico de dichas drogas y la experticia del galeno ante la particularidad de cada caso respecto a la consideración del riesgo de recurrencia y de desarrollo de secuelas en crisis (17,(31)(32)(33)(34) futuras , pero de ninguna manera debe ignorarse que la presencia de al menos dos de los siguientes antecedentes sí justifica fehacientemente el establecimiento de la terapia de mantenimiento; el inicio de la crisis durante el primer año de vida, las alteraciones en el examen neurológico y/o del desarrollo psicomotor, crisis prolongadas o atípicas, convulsiones previas con o sin fiebre y antecedentes de (15,(21)(22)(23)(24)(25)(26)(27)(28)(29)(30)(31)(32)(33)(34) convulsiones a febriles en los padres o hermanos .…”

“…La crisis o convulsión febril es el trastorno convulsivo más habitual en los niños, los afecta entre 3% y 5%, y se presenta entre los 3 meses y los 5 años, con mayor asiduidad entre los 14 y 18 meses, (14,15) afectados .…”

“…Actualmente se reconoce que su aparición es insistente cuando el niño enferma bruscamente (se asocia con aumento en la circulación de toxinas o productos de la reacción inmunitaria, déficit de mielinización en un cerebro inmaduro, inmadurez de los mecanismos de termorregulación e incremento en el consumo de oxigeno), que puede desencadenar enfermedad grave subyacente; que es frecuente pero inadecuado el tratamiento sintomático empleado para sofocar el episodio febril (el uso excesivo de medios físicos, a veces inoportunos o exagerados o la sobredosificación de drogas antipiréticas); y que existe escaza preocupación por descubrir la causa de la fiebre (puede tratarse de una enfermedad focal grave, de un cuadro de bacteriemia, de sepsis, de una enfermedad febril sin foco, el comienzo de fiebre de origen desconocido o de enfermedad febril (14)(15)(16) autolimitada viral) .…”

Validation of reference genes for quantitative gene expression analysis in experimental epilepsy

“…The candidate reference genes were selected based on previous epilepsy studies, use in other rodent disease models, or use in other model organisms. For example, TBP has been determined to be a stable reference gene in a febrile seizure model used in male Sprague–Dawley rat pups (Swijsen, Nelissen, Janssen, Rigo, & Hoogland, ); NONO has been validated as a stable reference gene in a mouse model of colitis (Eissa, Kermarrec, Hussein, Bernstein, & Ghia, ) and adipocyte cell differentiation (Arsenijevic, Grégoire, Delforge, Delporte, & Perret, ); HPRT1 and TBP have been described as stable genes in the intrahippocampal kainic acid mouse model (Pernot et al, ); and YWHAZ, ACTB , and GAPDH in a nonhuman primate model of Alzheimer disease (Park et al, ). Some of our candidate reference genes ( GAPDH, HPRT, TBP, ACTB, UBC, B2M ) have been used in human epilepsy studies (Wierschke et al, ).…”