En este artículo reportamos el diseño y la aplicación de una metodología innovadora e interdisciplinaria en línea para abordar el desarrollo sostenible basado en el método científico en el Instituto Federal de Educación, Ciencia y Tecnología de Rio Grande do Norte (IFRN). Esta metodología educativa se basó en los principios del pensamiento complejo de Edgar Morin, la perspectiva problematizadora y dialógica de la educación contextualizada de Paulo Freire y el aprendizaje transgresor de Arjen Wals. Se aplicó a treinta y ocho estudiantes de la clase de 3er año de Electromecánica del IFRN Campus Canguaretama, inscritos en las disciplinas de Seminario de Iniciación a la Investigación y Proyecto Integrador, que se impartieron en el año 2021 en formato online con actividades sincrónicas y asincrónicas. Siguiendo una guía de instrucción previamente elaborada y con la ayuda de herramientas en línea, se definieron ocho proyectos diferentes que abordan temas locales y que están alineados con los objetivos de desarrollo sostenible de las Naciones Unidas y que fueron realizados por los estudiantes. Los resultados muestran que este enfoque estimula el pensamiento crítico-reflexivo y proporciona una oportunidad para el aprendizaje efectivo al estimular a los estudiantes a utilizar sus conocimientos de forma integrada y contextualizada a su entorno. Finalmente, anticipamos que esta metodología educativa puede ser fácilmente aplicada y adaptada para ser utilizada a una gran escala en otras escuelas de todos los niveles educativos, especialmente como un proyecto escolar anual interdisciplinario que involucre a toda la comunidad.