Strategien zur Vermeidung von Artefakten in der massenspektrometrischen Epitranskriptomanalytik

Abstract

In diesem Artikel führen wir eine Strukturvalidierung von RNA-Phosphorothioat (PT)-Modifikationen durch, von welchen vor Kurzem im Epitranskriptom von Bakterien und Eukaryoten, einschließlichdes Menschen, berichtet wurde. Durchd en Vergleichs ynthetischer PT-haltiger Diribonukleotide mit nativen Spezies aus RNA-Hydrolysaten mittels hochauflçsender Massenspektrometrie (MS), metabolischs tabiler Isotopenmarkierung und PT-spezifischer Iodoxidation, widerlegen wir die Existenz von PTs in RNAa us E. coli, S. cerevisiae,m enschlichen Zelllinien und Mausgehirn. Darüber hinaus erläutern wir,w ie 2'-O-methylierte Diribonukleotide durch ein MS-Artefakt anfänglich als RNA-Phosphorothioate fehlidentifiziert wurden. Um die Strukturvalidierung neuer Nukleinsäuremodifikationen zu unterstützen, präsentieren wir einen detaillierten Leitfaden fürd ie MS-Analyse von RNA-Hydrolysaten und betonen, wie das gewählte RNA-Verdauprotokoll ein entscheidender Faktor bei der Entdeckung und Quantifizierung von RNA-Modifikationen in biologischen