Bee pollen has had a valued place in traditional medicine for centuries, even though its use in modern medicine is still limited by the lack of scientific evidence. In this study, we characterized and compared nine types of bee pollen, submitted to two preservation methods (lyophilization and drying), in relation to the content of phenolic compound and total flavonoids. The biological properties were also evaluated and compared. Pollen analysis allowed us to classify two samples as heterofloral, whilst the remaining were monofloral. The concentrations of flavonoid and phenolic compounds were greater in the lyophilized samples. Even though all samples presented antimicrobial activity, the lyophilized ones induced stronger inhibition against both Gram-negative and Gram-positive bacteria. For the yeasts studied, the difference between the two preservation procedures was not so relevant. The antioxidant activity was also greater in the lyophilized samples. Antimutagenic capacity was observed in all samples, independently of the preservation method, even though some bee pollen types decreased the number of gene conversion and mutant colonies more efficiently. In conclusion, the results suggest that lyophilization is better to preserve the bioactive compounds and biological properties of this natural product.Efecto de las condiciones de procesado sobre los compuestos bioactivos y las propiedades bioló gicas del polen de abeja El polen de abeja ha tenido un lugar valioso en la medicina tradicional durante siglos, aunque su uso en la medicina moderna sigue siendo limitado por la falta de evidencia científica. En este estudio se caracterizaron y compararon nueve tipos de polen de abeja, sometidos a dos métodos de conservació n (liofilizació n y secado), en relació n con el contenido de compuestos fenó licos y flavonoides totales. Las propiedades bioló gicas también fueron evaluadas y comparadas. El análisis del polen nos permitió clasificar dos muestras como heteroflorales, mientras que las restantes fueron monoflorales. Las concentraciones de flavonoides y compuestos fenó licos fueron mayores en las muestras liofilizadas. A pesar de que todas las muestras presentaron actividad antimicrobiana, las liofilizadas indujeron una inhibició n más fuerte contra las bacterias Gram-negativas y Gram-positivas. Para las levaduras estudiadas, la diferencia entre los dos procedimientos de conservació n no fue tan relevante. La actividad antioxidante fue también mayor en las muestras liofilizadas. Se observó capacidad antimutagénica en todas las muestras, independientemente del método de preservació n, aunque algunos tipos de polen de abeja redujeron el número de conversió n de genes y de colonias mutantes de manera más eficiente. En conclusió n, los resultados sugieren que la liofilizació n es mejor para conservar los compuestos bioactivos y las propiedades bioló gicas de este producto natural.