Phylogenetic utility of the nuclear rDNA ITS region in subfamilyIxoroideae (Rubiaceae): Comparisons with cpDNArbcL sequence data

Andreasen, Katarina; Baldwin, Bruce G.; Bremer, Birgitta

doi:10.1007/bf00984925

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“…During the last fifteen years, many other molecular phylogenetic studies were published (Achille et al 2006;Andersson & Antonelli 2005;Andersson & Rova 1999;Andersson et al 2001;Andreasen & Bremer 1996;Andreasen & Bremer 2000;Andreasen et al 1999;Bremer & Manen 2000;Bremer & Thulin 1998;Cortés-B. 2003;Delprete & Cortés-B.…”

Section: Internal Classification Of the Family Rubiaceaementioning

confidence: 99%

Systematics, taxonomy and floristics of Brazilian Rubiaceae: an overview about the current status and future challenges

Delprete¹,

Jardim

2012

Rodriguésia

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The Rubiaceae is the fourth Angiosperm family in number of species in the World and in the Neotropics. Its overwhelming diversity and presence in most biomes, and at most vegetation layers, makes this family one of the most important components of tropical vegetation. During the last two decades, family classification went through several reorganizations, mostly influenced by the advent of molecular phylogenetic studies, and many taxonomic revisions and floristic studies on Brazilian Rubiaceae have become available. In view of the considerable amount of literature that has recently been produced on Neotropical Rubiaceae, the present work has two main objectives: the first is to offer an overall view of the most recent family classification with emphasis on the genera of Rubiaceae occurring in Brazil, and to indicate particular taxa that are still in need of phylogenetic and taxonomic studies; the second objective is to present a short discussion on the state of floristic and taxonomic knowledge with respect to the various regions of Brazil, indicating the taxa and the geographic areas that need to be studied. Key words: Rubiaceae, Brazil, classification, floristics, systematics, taxonomy. ResumoRubiaceae é a quarta família em número de espécies entre as Angiospermas no Mundo e no Neotrópico. A grande diversidade de espécies com representantes na maioria dos bioma, ocupando os diferentes estratos vegetacionais, fazem desta família um dos mais importantes componente da vegetação tropical. Durante as duas últimas décadas a classificação da família sofreu várias reorganizações, principalmente pela influência de estudos filogenéticos moleculares, e muitos estudos florísticos e revisões taxonômicas foram recentemente produzidos sobre Rubiaceae Neotropicais. Considerando a grande quantidade de literatura que foi recentemente produzida sobre estes assuntos, o presente trabalho tem dois objetivos principais: o primeiro é fornecer uma visão geral sobre a mais recente classificação da família com ênfase nos gêneros de Rubiaceae que ocorrem no Brasil, indicando os táxons que necessitam de estudos filogenéticos e taxonômicos; o segundo, é apresentar uma breve discussão sobre o estado de conhecimento florístico e taxonômico nas várias regiões do Brasil, indicando os táxons e as áreas geográficas que precisam de mais estudos.

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Section: Internal Classification Of the Family Rubiaceaementioning

confidence: 99%

Systematics, taxonomy and floristics of Brazilian Rubiaceae: an overview about the current status and future challenges

Delprete¹,

Jardim

2012

Rodriguésia

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“…This view corresponds to the classical systems of the Rubiaceae; Schumann (1891) for instance united these tribes in a supertribe "Guettardinae". Recent molecular analyses have proved that the Antirheoideae are polyphyletic and that Vanguerieae and the closely related Alberteae show affinities to the Ixoroideae (Bremer et al 1995;Andreasen & Bremer 1996;Andreasen et al 1999;Rova 1999).…”

Section: Introductionmentioning

confidence: 99%

Wood Anatomy of the Vanguerieae (Ixoroideaerubiaceae), With Special Emphasis on Some Geofrutices

Lens¹,

Jansen²,

Robbrecht³

et al. 2000

IAWA J

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SUMMARYThe Vanguerieae is a tribe consisting of about 500 species ordered in 27 genera. Although this tribe is mainly represented in Africa and Madagascar, Vanguerieae also occur in tropical Asia, Australia, and the isles of the Pacific Ocean. This study gives a detailed wood anatomical description of 34 species of 15 genera based on LM and SEM observations. The secondary xylem is homogeneous throughout the tribe and fits well into the Ixoroideae s.l. on the basis of fibre-tracheids and diffuse to diffuse-in-aggregates axial parenchyma. The Vanguerieae include numerous geofrutices that are characterised by massive woody branched or unbranched underground parts and slightly ramified unbranched aboveground twigs. The underground structures of geofrutices are not homologous; a central pith is found in three species (Fadogia schmitzii, Pygmaeothamnus zeyheri and Tapiphyllum cinerascens var. laetum), while Fadogiella stigmatoloba shows central primary xylem which is characteristic of roots. Comparison of underground versus aboveground wood shows anatomical differences in vessel diameter and in the quantity of parenchyma and fibres.

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“…Andreasen & al., 1999;Nepokroeff & al., 1999; Persson, 2000;Delprete & Motley, 2001;Rova & al., 2002;Delprete & Cortés, 2004;Motley & al., 2005; Robbrecht & Manen, 2006;Davis & al., 2007;Razafimandimbison & al., 2008 Razafimandimbison & al., , 2009Bremer & Eriksson 2009;Rydin & al., 2009;Barrabé & al., 2012;Razafimandimbison & al., 2014). Nowadays the family Rubiaceae is subdivided into three subfamilies, Rubioideae, Cinchonoideae, and Ixoroideae (Bremer & al., 1995Bremer & Eriksson, 2009), strongly supported by molecular data (Bremer & Eriksson, 2009 (Razafimandimbison & al., 2008, Bremer & Eriksson, 2009) and is probably the most studied subfamily in terms of phylogenetic reconstructions (e.g.…”

Section: Systematics Of Rubiaceaementioning

confidence: 99%

“…Além dos estudos de filogenia molecular já citados, outros estudos que contribuíram para a sistemática da família são: Bremer (1987), Manen et al (1994), Natali et al (1995Natali et al ( , 1996, Delprete (1996), , Andreasen et al (1999), Nepokroeff et al (1999), Persson (2000), Delprete & Motley (2001), Delprete & Cortés (2004), , Motley et al (2005), Davis et al (2007), Barrabé et al (2012), Razafimandimbison et al (2014) e muitos outros envolvendo diferentes níveis taxonômicos, e aumentando consideravelmente o conhecimento a respeito da sistemática da família.…”

Section: Rubiaceaeunclassified

“…Robbrecht (1988) Manen et al (1994), Natali et al (1995Natali et al ( , 1996, Delprete (1996), , Andreasen et al (1999), Nepokroeff et al (1999) Sucre (1959), Steyermark (1965, 1974), Dwyer (1980), Bacigalupo (1974, Verdcourt (1976), Porto et al (1977), Dillenburg & Porto (1985), Burger & Taylor (1993), Jung--Mendaçolli (1994, Zappi & Stannard (1995), Gomes (1996), Taylor (1996, Anunciação (1998), Delprete (1998Delprete ( , 1999, Boom & Delprete (2002), Zappi & Nunes (2002), Delprete et al (2004Delprete et al ( , 2005a, Taylor et al (2007), Zappi et al (2009Zappi et al ( , 2014 Brasil, vol. 3, …”

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confidence: 99%

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Sistemática e taxonomia de Rudgea Salisb. (Palicoureeae, Rubiaceae)

Bruniera¹

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Ao Prof. Dr. Milton Groppo, por aceitar a orientação dos meus projetos desde a graduação, pela confiança no desenvolvimento deste trabalho, pelas oportunidades concedidas que têm contribuído para minha formação profissional e pela amizade; À Dra. Daniela Cristina Zappi, co--orientadora deste trabalho, por ter confiado na minha capacidade de desenvolver este projeto e por ter aceitado compartilhar seu grupo de estudo, seus conhecimentos, materiais, literaturas de difícil acesso e ilustrações, por ter sido uma orientadora e colaboradora essencial para o desenvolvimento deste trabalho, e pela amizade durante estes anos; À Dra. Charlotte Taylor, especialista em Rubiaceae, que também teve grande participação neste trabalho, sendo a orientadora responsável durante minha estadia noMissouri Botanical Garden, por compartilhar seus profundos conhecimentos com o grupo de estudo incentivando as pesquisas com a família Rubiaceae, por estar sempre disponível para vii discutir e auxiliar nas questões taxonômicas e pelas oportunidades concedidas durante estes anos;Ao Missouri Botanical Garden, pela concessão da Bolsa "Elizabeth E. Bascom", concedida anualmente à latinas--americanas, propiciando a visita e permanência por um Às irmãs que a vida me deu, Graziele Ferreira, Giovana da Silva Leandro e Priscilla de Campos, que são peças fundamentais na minha história e nunca me negaram apoio, mesmo nos momentos mais complicados. À "Terra do Nunca" e a todas às amigas que passaram por ela, pois se existia um lugar onde me sentia em casa, desde os tempos de agregada até virar moradora, era ali.À minha família, que além de todo o amor e carinho, me concedem apoio total e constante na minha vida acadêmica. Em especial aos meus pais por me lembrarem sempre dos meus objetivos e de nunca desviar o olhar daquilo que realmente queremos no futuro.À minha mãe Maria Aparecida Bruniera, à minha sogra Vera Lúcia Lopes e à minha irmã Carina Bruniera Duarte, por não medirem esforços para cuidarem da Lara enquanto eu trabalhava nesta tese, não tenho como mensurar minha gratidão à vocês.Ao meu companheiro Mateus Lopes, por ter ajudado e colaborado em diversos aspectos da tese, e por ter sido tão parceiro nos plantões de finais de semana e feriados no Herbário e na USP. Obrigada também por todo o amor e carinho que me fazem ser tão feliz e por ter me dado o melhor presente de todos, nossa pequena Lara.A todas às pessoas que não foram citadas, mas que ajudaram em viagens de coleta, nas visitas aos herbários, durante os processos experimentais, na discussão de metodologias e de resultados, nas questões burocráticas, ou em qualquer outro aspecto deste trabalho.Muito obrigada! Table 1. Voucher information about sequences produced in the present work……………………………..………………..34 Table 2. GenBank acession numbers of sequences used in molecular analyses……………………………………………….40 Table 3. Characteristics of the markers/data sets used, including statistics of alignments and evolutionary models suggested by jModelTest v.0.1.1 (Posada, 2008)……………………………………………….………………………………...

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Phylogenetic utility of the nuclear rDNA ITS region in subfamilyIxoroideae (Rubiaceae): Comparisons with cpDNArbcL sequence data

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