Além de identificar os doentes com tuberculose (TB), é importante monitorar os genótipos de M. tuberculosis circulantes. Mesmo após a implantação do Xpert® MTB/RIF, o diagnóstico é ainda realizado apenas pela baciloscopia, que apresenta baixa sensibilidade, na maioria dos laboratórios. Objetivo: Utilizar análises de DNA para o diagnóstico e identificação dos genótipos circulantes em uma população do Rio Grande do Sul, Brasil. Metodologia: Amostras clínicas foram analisadas pelo Detect-TB (Labtest, MG), por PCR em tempo real (Xpert® MTB/RIF) e comparados a baciloscopia. A genotipagem foi realizada por spoligotyping.Resultados: A acurácia do Detect-TB para a identificação da TB foi similar ao Xpert® MTB/RIF, sendo que o Detect-TB foi mais custo-efetivo quando utilizado em conjunto com a baciloscopia. Os genótipos LAM5, RDRio e like-Pinni2, relacionados a resistência ao tratamento, estavam sendo transmitidos neste grupo, e a maioria dos resistentes a isoniazida (78,5%) e dos resistentes a rifampicina (92,1%) apresentavam as mutações mais conhecidas. Conclusão: A aplicação de tecnologias de DNA pode auxiliar no controle de TB, tanto no diagnóstico rápido quanto na identificação de perfis resistentes, viabilizando tratamento adequado aos pacientes.