A criação de jacaré-do-Pantanal tem se consolidado no estado de Mato Grosso como atividade alternativa e legal para as propriedades rurais na área de ocorrência natural da espécie, coibindo a caça predatória e colaborando na preservação da espécie. A racionalização do processo produtivo na criação de jacaré é uma ação relativamente nova, que permite obter pele de melhor qualidade e de utilização integral, diferentemente daquelas oriundas de animais da natureza. Considerando a importância dos intestinos como sede dos principais eventos relacionados à obtenção de nutrientes para o metabolismo corpóreo, este trabalho teve por objetivo caracterizar qualitativa e quantitativamente a mucosa dos intestinos delgado e grosso de jacaré-do-Pantanal jovens. Para a caracterização ao microscópio óptico da estrutura da parede intestinal e da histometria da mucosa foram coletadas amostras intestinais de 16 animais, sendo três deles também destinados ao estudo histoquímico. As amostras foram obtidas de cinco regiões, sendo quatro do intestino delgado e uma do intestino grosso. Elas foram fixadas em solução de Bouin, processadas de acordo com técnicas preconizadas para inclusão em parafina. Cortes histológicos semi-seriados (quatro micrômetros) foram obtidos e o material foi desparafinizado, hidratado e corado pela hematoxilina-eosina para a descrição geral e estudo histométrico, que consistiu da mensuração da freqüência das vilosidades intestinais; dos comprimentos do epitélio e da lâmina própria da mucosa e da espessura da mucosa. Na análise estatística foi empregada a análise de variância e Teste de Tukey. Para o estudo histoquímico foram utilizadas a reação ao ácido periódico de Schiff, alcian blue pH 1,0 contrastado com hematoxilina e alcian blue pH 2,5 conjugado ao ácido periódico de Schiff. Para a descrição das estruturas histológicas foi empregada a terminologia disponível na Nomina Histologia. A estrutura da parede do intestino delgado e grosso do jacaré-do-Pantanal era constituída pelas túnicas mucosa, muscular e serosa. A mucosa era formada por epitélio de revestimento do tipo cilíndrico simples constituído por epiteliócitos colunares e por exocrinócitos caliciformes; lâmina própria de tecido conjuntivo frouxo e muscular da mucosa única. A túnica muscular era constituída por dois estrados, o circular e o longitudinal, sendo o estrato circular o mais desenvolvido. A serosa era típica. As especializações da mucosa observadas no intestino delgado e grosso, respectivamente, foram vilosidades e pregas intestinais, e ao longo das regiões dos intestinos, apresentaram diminuição de sua complexidade. O estudo histométrico da mucosa demonstrou diferença estatisticamente significante entre o intestino delgado e grosso. Embora a estrutura da parede intestinal de C. yacare seja semelhante à de outros crocodilianos, a da tartaruga verde e avestruz, ainda se faz necessário estudos sobre a histofisiologia para que o manejo nutricional da espécie em cativeiro seja incrementado.