A obesidade é uma doença inflamatória crônica, caracterizada principalmente pelo acúmulo excessivo de gordura corporal. Nos últimos anos, a obesidade infantil atingiu níveis epidêmicos, traduzindo-se em um dos mais sérios problemas de saúde pública no Brasil e no mundo, causando complicações no curto e longo prazo. Recentemente, diversos trabalhos sugerem que a microbiota intestinal deve ser levada em consideração no desenvolvimento da obesidade. A microbiota é alvo de diversos estudos, mostrando a importância de compilar os artigos recentes para melhor entendimento de um tema tão atual. Objetivo: Esta revisão tem o objetivo de apresentar a produção científica dos últimos 5 anos sobre os principais determinantes e modificadores da microbiota intestinal infantil. Método: Os descritores "microbiota intestinal", "obesidade", "crianças", "gut microbiota", "obesity" e "children" foram utilizados na busca de artigos das bases de dados: Biblioteca Virtual SciELO; ScienceDirect; MEDLINE e LILACS. A coleta dos dados ocorreu entre os meses de outubro de 2020 e abril de 2021. Os seguintes critérios de inclusão foram adotados: texto completo (livre acesso); dos tipos artigo original e de revisão, publicados nos anos de 2015 a 2021, em português e inglês. Monografias; livros; trabalho de conclusão de curso; resumos, teses e dissertações foram excluídos. Resultados: ao total 325 trabalhos foram avaliados, entretanto, apenas 55 trabalhos obedeceram aos critérios de inclusão. Conclusão: Nota-se grande importância do tema apresentado, haja vista o grande número de artigos e avanço nas pesquisas nos últimos anos. Cada vez mais fatores que influenciam a microbiota intestinal são melhor compreendidos, sobretudo em crianças. Os modificadores da microbiota intestinal infantil apresentados nesta revisão compreenderam a obesidade, alimentação, sexo do indivíduo, fatores gestacionais, amamentação, meio ambiente, prebióticos, probióticos, exercício físico e compostos químicos. Estudos envolvendo a compreensão da microbiota intestinal são importantes como terapêutica para o controle da obesidade e de outras doenças.