Objetivo: relatar como realizamos o processo de limpeza de endoscópios flexíveis. Método: estudo descritivo, tipo relato de experiência, sobre o processo de limpeza e desinfecção de endoscópios flexíveis em um hospital universitário do sul do Brasil. Resultados: após a utilização do endoscópio flexível, iniciar o teste de vazamento na sala de exame logo após o término do procedimento, juntamente com a pré-limpeza do dispositivo em cuba com solução de detergente enzimático diluído. A inspeção visual deve ser realizada antes da realização da desinfecção de alto nível, de acordo com sua classificação como acessório crítico, utilizado em procedimentos invasivos com penetração da pele, mucosas, espaços ou cavidades estéreis, tecidos subepiteliais e sistema vascular. Após a limpeza manual, o processo de limpeza automatizado é realizado, incluindo enxágue e desinfecção de alto nível. Em seguida, o dispositivo é identificado no processamento realizado e armazenado em armários na posição vertical. Conclusão: o reprocessamento de endoscópios flexíveis deve seguir recomendações baseadas em evidências em diretrizes atualizadas, investimento na estrutura física com fluxos corretos e armazenamento dos equipamentos de forma adequada à realidade do serviço para reduzir o índice de infecção.