Indexing of RNA viruses in certified and uncertified potato seed-tubers from <i>Solanum tuberosum</i> cv. Diacol Capiro, and <i>S. phureja</i> cv. Criolla Colombia: a pilot study

García, Andrea; Higuita, Mónica; Sánchez, Rodrigo Alberto Hoyos; García, Yuliana Gallo; Montoya, Mauricio Marín; Sánchez, Pablo Gutiérrez

doi:10.1080/03235408.2022.2081760

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“…Luego, se sintetizó el ADNc, a través de una reacción de retro-transcripción en 20 μL de volumen, incubándose en un termociclador T3 (Biometra, Alemania), a 65 °C por 5 min, seguido de 42 °C por 1 h y, por último, 70 °C por 10 min, para desnaturalizar la enzima. En las reacciones de ADNc, se utilizaron 200U de la enzima RevertAid Reverse Transcriptase (RT) (Thermo Fisher Scientific, EEUU), 1X de buffer RT, 0,5mM de dNTPs, 100 pmol de cada cebador reverso (Oligo-dt, 123end, PYVV_R_CP y PLVR_R) (Tabla 1), 20U de inhibidor de ARNasas Ribolock (Thermo Fisher Scientific, EEUU) y 100 ng de ARN total (Sierra et al 2021;García et al 2022).…”

Section: ; García Et Al 2022)unclassified

“…Adicional a los altos niveles de prevalencia de virus, en este trabajo, se identificaron coinfecciones en los materiales certificados con un promedio de 4,7 virus por muestra y casos externos, como la detección en tres lotes de semilla de la infección mixta de seis virus (PVY/PVX/PVS/PLRV/PYVV/PMTV); resultados similares han sido reportados por García et al (2022), para tubérculossemilla comercializados en Antioquia. En este caso, en muestras de semilla no certificada del cultivar Diacol Capiro, el promedio de coinfección fue de 4,6 virus por muestra, con un número mínimo de 4 y máximo de 6 virus, mientras que, en material certificado, el promedio de coinfección fue de 4 virus por muestra, con valores mínimos y máximos de 2 y 6 virus, respectivamente.…”

Section: Secuenciación De Alto Rendimiento (Hts)unclassified

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Prevalencia de virus de ARN en tubérculos-semilla certificados de Solanum tuberosum cv. Diacol Capiro de la sabana Cundiboyacense

García

Higuita

García³

et al. 2022

Rev. U.D.C.A Act. & Div. Cient.

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La papa (Solanum tuberosum) Diacol Capiro es uno de los cultivares con mayor producción y consumo interno en Colombia, siendo los departamentos de Cundinamarca y Boyacá, los principales productores. Este cultivo, se ve afectado por un complejo de virus, que disminuye la calidad de los tubérculos y los rendimientos. En este trabajo, se evaluó la prevalencia de los virus de ARN: PLRV, PVY, PVX, PVS, PVV, PYVV, PMTV y PVB, en brotes de tubérculos-semilla certificados, provenientes de la sabana Cundiboyacense, mediante RT-qPCR. Los resultados revelan la ocurrencia de siete de los ochos virus en las muestras, con niveles de infección de 100 % (PVS, PVX y PYVV), 75 % (PLRV), 50 % (PVY), 37,5 % (PMTV) y 12,5 % (PVB). Adicionalmente, con el fin de obtener información de los genomas de los virus detectados, se utilizó secuenciación de alto rendimiento (HTS), de una muestra compuesta (bulk) de brotes, siendo posible obtener el genoma completo del PLRV y el genoma parcial del PVY. Los análisis filogenéticos realizados con dichas secuencias ubicaron a los virus PLRV y PVY en clados, conformados por aislamientos colombianos, con niveles de identidad superiores al 97 %. Estos hallazgos evidencian la necesidad de fortalecer los programas de certificación de tubérculos-semilla de papa en el país, mediante la utilización de pruebas moleculares de detección viral.Palabras clave: Detección de virus; RT-qPCR; Secuenciación de alto rendimiento; Semilla de papa; Virus de plantas.

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Section: ; García Et Al 2022)unclassified

Section: Secuenciación De Alto Rendimiento (Hts)unclassified

Prevalencia de virus de ARN en tubérculos-semilla certificados de Solanum tuberosum cv. Diacol Capiro de la sabana Cundiboyacense

García

Higuita

García³

et al. 2022

Rev. U.D.C.A Act. & Div. Cient.

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Applicability of Smart Tools in Vegetable Disease Diagnostics

Ovesná

Tsiropoulos²,

Collier

et al. 2023

Agronomy

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Various diseases and pests cause serious damage to vegetable crops during the growing season and after harvesting. Growers attempt to minimize losses by protecting their crops, starting with seed and seedling treatments and followed by monitoring their stands. In many cases, synthetic pesticide treatments are applied. Integrated pest management is currently being employed to minimize the impact of pesticides upon human health and the environment. Over the last few years, “smart” approaches have been developed and adopted in practice to predict, detect, and quantify phytopathogen occurrence and contamination. Our review assesses the currently available ready-to-use tools and methodologies that operate via visual estimation, the detection of proteins and DNA/RNA sequences, and the utilization of brand-new innovative approaches, highlighting the availability of solutions that can be used by growers during the process of diagnosing pathogens.

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Indexing of RNA viruses in certified and uncertified potato seed-tubers from Solanum tuberosum cv. Diacol Capiro, and S. phureja cv. Criolla Colombia: a pilot study

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Prevalencia de virus de ARN en tubérculos-semilla certificados de Solanum tuberosum cv. Diacol Capiro de la sabana Cundiboyacense

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