Resumo: O objetivo foi estimar a incidência de sífilis congênita ao nascimento e verificar os fatores associados à transmissão vertical da sífilis. Estudo nacional, de base hospitalar, realizado em 2011-2012 com 23.894 puérperas, por meio de entrevista hospitalar, dados de prontuário e cartão de pré-natal. Realizada regressão logística univariada para verificar os fatores associados à sífilis congênita. Estimada incidência de sífilis congênita de 3,51 por mil nascidos vivos (IC95% 2,29-5,37) e taxa de transmissão vertical de 34,3% (IC95%: 24,7-45,4). Casos de sífilis congênita estiveram associados à menor escolaridade materna, cor da pele preta e maior proporção de fatores de risco para prematuridade, bem como ao início mais tardio do pré-natal, menor número de consultas e menor realização de exames sorológicos. A mortalidade fetal foi seis vezes superior nos casos de sífilis congênita, e recém-natos com sífilis congênita apresentaram maior frequência de internação. A sífilis congênita persiste como problema de saúde pública, estando associada à maior vulnerabilidade social e falhas na assistência pré-natal.