In vitro-generated 'inverse' chimeric Coleus blumei viroids evolve in vivo into infectious RNA replicons

Spieker, Reiner

doi:10.1099/0022-1317-77-11-2839

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“…Coleus blumei (coleus) is an ornamental plant grown worldwide and it is susceptible to infection by several Coleus blumei viroid (CbVd) species in the genus Coleviroid, family Pospiviroidae. At present, six main viroids infecting coleus have been reported, and they are CbVd-1 to CbVd-6 (Fonseca et al, 1989;Spieker, 1996aSpieker, , 1996bSpieker et al, 1996;Hou et al, 2009aHou et al, , 2009b (Fig. 1).…”

Section: Introductionmentioning

confidence: 97%

Rapid detection and identification of viroids in the genus Coleviroid using a universal probe

Jiang¹,

Hou²,

Shimmen³

et al. 2013

Journal of Virological Methods

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Section: Introductionmentioning

confidence: 97%

Rapid detection and identification of viroids in the genus Coleviroid using a universal probe

Jiang¹,

Hou²,

Shimmen³

et al. 2013

Journal of Virological Methods

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“…Autonomous replication and seed transmission of both CbVd-5 and CbVd-6 have recently been demonstrated [38]. The viroid known as coleus blumei viroid A1 (also referred to as coleus blumei viroid 4-1) is a case apart because it derives from a chimeric cDNA construct generated in the laboratory, thus representing a synthetic viroid [60] that will not be included in future viroid classification schemes.…”

Section: Recombinant Viroidsmentioning

confidence: 99%

“…Three species have been recognized by ICTV in a previous classification scheme based on the arbitrary limit of 90 % sequence identity [21]. Since its first description, it has been clear that coleus blumei viroid 2 (CbVd-2) is a viroid chimera composed of the right and left halves of the rodlike secondary structures of coleus blumei viroid 1 (CbVd-1) and coleus blumei viroid 3 (CbVd-3), respectively [60]. Even though biological differences between these three viroids have never been demonstrated, they have been maintained as members of separate species.…”

Section: Recombinant Viroidsmentioning

confidence: 99%

Current status of viroid taxonomy

Serio

Flores

Verhoeven³

et al. 2014

Arch Virol

157

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Viroids are the smallest autonomous infectious nucleic acids known so far. With a small circular RNA genome of about 250-400 nt, which apparently does not code for any protein, viroids replicate and move systemically in host plants. Since the discovery of the first viroid almost forty-five years ago, many different viroids have been isolated, characterized and, frequently, identified as the causal agents of plant diseases. The first viroid classification scheme was proposed in the early 1990s and adopted by the International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) a few years later. Here, the current viroid taxonomy scheme and the criteria for viroid species demarcation are discussed, highlighting the main taxonomic questions currently under consideration by the ICTV Viroid Study Group. The impact of correct taxonomic annotation of viroid sequence variants is also addressed, taking into consideration the increasing application of nextgeneration sequencing and bioinformatics for known and previously unrecognized viroids.

show abstract

“…Unlike the strategy followed previously for the construction of chimeric viroids (Visvader and Symons, 1986;Owens et al 1990;Gora et al, 1996;Spieker, 1996;Sano et a., 1998;Reawarkaron and Semancik, 1998), the PCR-based novel approach used in the present study did not rely on the availability of shared restriction endonuclease sites for the exchange of segments between the two viroids. With this method, any choice of chimeric viroids can be constructed.…”

Section: Resultsmentioning

confidence: 98%

Estudios de Patogenicidad de Viroides del Género Apscaviroide y Hostuviroide en cítricos.

Alfonso¹

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ResumenEstudios realizados en Atalantia citroides, un género afín de los cítricos, mostraron que estaba infectada con un viroide no descrito hasta el momento. Este nuevo viroide tiene un genoma de 293-294 nucleótidos con una alta proporción de bases GC, una región central conservada que es característica de los miembros del género Apscaviroid, y también la región terminal conservada que tienen este y otros géneros de la familia Pospiviroidae. La estructura secundaria de mínima energía libre predicha para este nuevo viroide es una conformación en forma de varilla con un 68.7% de nucleótidos apareados y con una identidad de secuencia respecto a los otros viroides inferior al 90%, que es el límite convenido para separar las diferentes especies de viroides dentro de un mismo género. Los ensayos de infectividad utilizando el cidro Etrog han mostrado que este nuevo viroide produce síntomas característicos suaves. La co-inoculació de este nuevo viroide con Citrus bent leaf viroid o con Citrus dwarfing viroid, que también son miembros del género Apscaviroid, causa interacciones sinérgicas que se manifiestan induciendo síntomas muy pronunciados en las hojas y un enanismo muy marcado. Este aumento en la intensidad de síntomas no está acompañado por variaciones en la acumulación del viroide en la planta ya que su concentración se mantiene inalterada en plantas co-inoculadas. De acuerdo con estas propiedades moleculares y biológicas, así como por su capacidad por replicarse en A. citroides, este nuevo viroide que tentativamente hemos nombrado Citrus viroid V (CVd-V), ha sido propuesto como una nueva especie del género Apscaviroid. El análisis de 64 muestras provenientes de varias zonas citrícolas ha mostrado queCVd-V está presente en los Estados Unidos, España Nepal, y el Sultanato de Oman.Estos resultados indican que este viroide no ha surgido recientemente y está bastante difundido por diferentes partes del mundo. Los ensayos de transmisión a naranjo, mandarino, híbridos de mandarino, clementito, satsuma, limonero, naranjo amargo, lima Tahití, lima dulce de Palestina, calamondín, bergamoto y kumquat han mostrado que todas estas especies son huéspedes de CVd-V. Se han probado una serie de métodos de detección como el "slot blot", la hibridación "northern" y la RT-PCR utilizando tanto el cidro Etrog como bioamplificador o directamente especies i cultivares comerciales.Para evaluar el efecto en la expresión de síntomas que produce el intercambio de segmentos discretos de la molécula de CVd-V por los segmentos correspondientes de CDVd, se sintetizaron siete viroides quiméricos que se inocularon mecánicamente a tres plántulas de cidro Etrog. El análisis de estas plantas mediante hibridación y RT-PCR mostró que solo una de las tres plantas inoculadas con la quimera Ch5 (CVd-V con el dominio Terminal izquierdo de CDVd) estaba realmente infectada. Se ha demostrado que esta quimera es estable salvo por la sustitución 42C→U. Las plantas infectadas con Ch5 no muestran ningún tipo de síntomas y las plantas co-infectadas con Ch5 y CVd...

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In vitro-generated 'inverse' chimeric Coleus blumei viroids evolve in vivo into infectious RNA replicons

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Rapid detection and identification of viroids in the genus Coleviroid using a universal probe

Rapid detection and identification of viroids in the genus Coleviroid using a universal probe

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Estudios de Patogenicidad de Viroides del Género Apscaviroide y Hostuviroide en cítricos.

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