Inicialmente, motivada pelas descobertas das atrocidades ocorridas em experimentos no período da 2ª Guerra Mundial, a ética em pesquisa tornou-se tema recorrente no meio científico. Ela visa orientar os pesquisadores na condução de suas atividades, a fim de resguardar os participantes da pesquisa contra eventuais riscos e danos e também assegurar a potencialização dos benefícios, com retorno social. Nesse sentido, o Conselho Nacional de Saúde, por meio de suas Resoluções, instituiu em 1996 a Comissão Nacional de Ética em Pesquisa (Conep) para gerenciar os Comitês de Ética em Pesquisa (CEPs), os quais avaliam projetos de pesquisas que envolvam seres humanos. Considerado relativamente jovem, o sistema ainda gera dúvidas e questionamentos por parte de seus usuários, além de dificuldades quanto à formalização dos projetos junto à Plataforma Brasil. Com base nesse contexto, definiu-se como objetivo deste estudo conhecer as percepções dos usuários em relação a atuação do CEP/UFSM. Foi desenvolvido um estudo de caso com dados obtidos através de 376 pareceres emitidos pelo CEP, no período de 2016 a 2019, e de questionários aplicados para os usuários, via plataforma Google Forms que obteve o retorno de 187 respondentes. Na documentação levantada, foi realizada análise de conteúdo e, nos dados quantitativos dos respondentes, foram realizadas análise a partir de estatística descritiva e fatorial. As principais pendências encontradas nos pareceres dizem respeito a aspectos do Termo de Consentimento Livre e Esclarecido (TCLE), metodologia, formalidades necessárias nos demais documentos obrigatórios e informações discordantes fornecidas no projeto, Plataforma Brasil e documentos anexados. Em relação às percepções dos usuários, verificou-se que com exceção dos que pertencem a área da Saúde, eles não sentem que as especificidades de suas pesquisas estejam contempladas nas Resoluções emitidas pelo CNS, mesmo assim, de modo geral há compreensão acerca do que é ética em pesquisa e porque ela é importante. A principal dificuldade percebida no processo de submissão e aprovação de um projeto é a utilização da Plataforma Brasil, seguida da elaboração de documentos e obtenção de autorização institucional. Apesar das dificuldades os respondentes consideram rápido o retorno do CEP na avaliação dos projetos e veem facilidade na obtenção de informações junto ao Comitê, além disso, consideram os pareceres emitidos claros e objetivos. Conclui-se que a condução da operacionalização das atividades no CEP/UFSM possui aceitação por parte de seus usuários, porém os mesmos carecem de atividades de capacitação sobre a utilização da Plataforma Brasil, elaboração de documentos e legislação, principalmente em áreas de conhecimento específicas.