(1) Viện Sinh học nhiệt đới, Viện Khoa học và Công nghệ Việt Nam, ( * ) ngoduy007@yahoo.com (2) Trường đại học Kỹ thuật công nghệ tp Hồ Chí Minh TÓM TẮT: Trong nghiên cứu này, chúng tôi sử dụng kỹ thuật điện di DGGE nhằm phân tích sự tồn tại của cộng đồng vi sinh vật trong phân ủ. Từ 10 mẫu phân ủ đã ly trích, tách chiết và thu nhận bộ gen, nhân bản đoạn 16S rDNA trên cặp mồi 27F và 907R. Và sau đó chọn mẫu số 6 cho việc phân tích DGGE trên vùng V3 với cặp mồi 517F-GC và 357R, 517F và 357R, kết quả có 9 trình tự gen thuộc vùng V3 như sau: 6a1, 6a2, 6a3, 6a4, 6d1, 6d2, 6d3, 6e1 và 6e2. Phân tích và so sánh sự tương đồng với các dự liệu trên Ngân hàng Gen theo Accession number như sau: 6a1, 6a2 tương đồng 99% với JF987387.1 và JF828759.1, JF 989848.1 tương đồng 93% với 6a4 và 88% 6a3, 6d1 tương đồng 82% với AB206012.1, 6d2 tương đồng 95% với JF429206.1, 6d3 tương đồng 86% với FN781411.1, 6e1 tương đồng 99% với JF176784.1 và FJ516783.1 tương đồng 87% với 6e2.Từ khóa: Cây phát sinh loài, DGGE, PCR, vùng V3 và 16S rDNA
MỞ ĐẦUDenaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE) là kỹ thuật sinh học phân tử cơ bản, được công bố lần đầu đầu tiên bởi Fischer và Lerman [3], phương pháp này dựa trên sự thay đổi và biến đổi về nucleotide trong cấu trúc mạch DNA. Phương pháp DGGE đã ứng dụng nhiều trong việc xác định sự thay đổi hệ vi sinh vật trong môi trường thích ứng với các điều kiện sinh thái khác nhau. Do vậy, ưu điểm của phương pháp này có thể kiểm chứng và đánh giá sự hiện diện và quá trình thay đổi hệ vi sinh vật tồn tại trong mẫu vật và môi trường cần khảo sát.Hiện nay rất nhiều công trình nghiên cứu sử dụng phương pháp DGGE, X. Lai (2006) đã sử dụng phương pháp DGGE phân tích thành phần vi sinh vật trong trầm tích biển sâu của vùng biển phía Nam Trung Quốc [16]. S. Salet (2007) đã khảo sát sự đa dạng hệ vi sinh vật trong biểu mô dạ cỏ [11]. Muyzer (1999) đã sử dụng phương pháp DGGE/TGGE xác định các gene vi sinh vật từ hệ sinh thái tự nhiên [7]. Knapp đã sử dụng phương pháp DGGE xác định phức hợp chính đa hình tính tương hợp mô trong tế bào thực vật. Okada phân tích cộng đồng tuyến trùng từ đất bằng DGGE [8]. Jun Wang và cs thì phân tích cộng đồng vi sinh vật trong hồ chứa dầu nhiệt độ cao [5]. Watanabe dùng DGGE phân tích đoạn 16S rDNA cộng đồng vi sinh vật cổ sinh khí methan từ đất ruộng [14]. Điều này chứng minh sự đa dạng của việc ứng dụng phương pháp DGGE trong nghiên cứu.Các nghiên cứu được công bố trong nước về việc ứng dụng sinh học phân tử trong lĩnh vực xác định loài sau khi đã phân lập, tách chiết, thu nhận và định danh vi sinh vật đã được thuần chủng. Và bên cạnh đó các sản phẩm phân bón từ phân ủ không xác định thành phần chính yếu vi sinh vật có lợi và gây hại ban đầu, mà chủ yếu là thêm các chủng loại vi sinh vật vào làm phân bón; phân vi sinh cố định đạm (Rhizobium sp., Bradyrhizobium sp.), phân vi sinh kháng nấm (Trichoderma sp.)... Do vậy, nghiên cứu này bước đầu ứng dụng phương pháp DGGE nghiên cứu trực tiếp cộng đồng vi sinh vật trong phân ủ.