Desain dan Optimasi Primer Gen Pengkode MRPA Trypanosoma evansi dan Penerapan pada Pembelajaran Biologi Molekuler

Nuryady, Moh. Mirza; Husamah, Husamah; Miharja, Fuad Jaya; Hindun, Iin; Patmawati, P.

doi:10.36312/e-saintika.v4i2.217

Cited by 4 publications

(4 citation statements)

References 24 publications

Supporting

Mentioning

Contrasting

Order By: Relevance

“…Optimization of primer annealing temperature Optimization of qPCR conditions for the 8 primers was carried out by gradient qPCR at five temperatures based on the primary melting temperature™ range and 10ng/uL DNA concentration as a procedure in master mix. Optimization was carried out using PCR with the annealing temperature setting used calculated based on (TM-5) C to (TM + 5) C (Nuryady et al, 2020). In this study, the annealing temperature optimization was carried out by 5 gradients which ranged from temperatures of 56 °C to 62°C.…”

Section: Quantitative Real Time Polymerase Chain Reaction (Qpcr) Assaymentioning

confidence: 99%

Optimization of Sybr Green Quantitative Real Time Polymerase Chain Reaction (qPCR) using Excreted-Secreted Antigens (ESAs) Genetik Marker for Detection Toxoplasma gondii

Ekawasti,

Cahyaningsih,

Dharmayanti

et al. 2024

Jurnal Sain Veteriner

View full text Add to dashboard Cite

Toxoplasma gondii is an obligate intracellular parasite, causing toxoplasmosis in almost all warm-blooded animals and humans worldwide. Toxoplasmosis is a zoonotic disease of serious public health concern. Host cell invasion by T. gondii tachyzoites has process involving the sequential secretion of Excreted-Secreted Antigens (ESAs). T. gondi ESAs could be a valuable candidate for the diagnosis of toxoplasmosis. Techniques to more accurately detection of T. gondii recently developed biotechnological methods that are currently being used, conventional and real time Polymerase Chain Reaction (RT-PCR). RT-PCR is more widely used because it is more sensitive and specific. The aims of this study were to optimize the Sybr Green RT-PCR in different region gene based on Excreted-Secreted Antigens (ESAs), tachyzoite surface antigen and bradhyzoite antige, then adapt the conventional PCR program to real-time PCR for detection Toxoplasma gondii. Optimization is necessary to get optimal condition of PCR to get the best results. T. gondii RH strains derived from liquid nitrogen and DNA extracted by DNAzol. The genetic marker used GRA1#1, GRA1#2, GRA7#1, GRA7#2, ROP1, MIC3, SAG1 and BAG1. The results of the optimization of multiple primer genes can adapt and be used optimal in RT-PCR by using the same cycle program simultaneously in one run. Overall, RT-PCR for the detection of T. gondii DNA demonstrated excellent agreement with conventional PCR. RT-PCR with melting curve analysis is rapid and simple that facilitates high throughput analysis to detect T. gondii. The optimal conditions obtained from the optimization results can facilitate further research to detect T. gondii.Keywords: Biotechnology molecular, Detection, excretory-secretory antigen, toxoplasmosis

show abstract

Section: Quantitative Real Time Polymerase Chain Reaction (Qpcr) Assaymentioning

confidence: 99%

Optimization of Sybr Green Quantitative Real Time Polymerase Chain Reaction (qPCR) using Excreted-Secreted Antigens (ESAs) Genetik Marker for Detection Toxoplasma gondii

Ekawasti,

Cahyaningsih,

Dharmayanti

et al. 2024

Jurnal Sain Veteriner

View full text Add to dashboard Cite

show abstract

“…Selain hal-hal tersebut, saat amplifikasi DNA dilakukan hal yang juga tak kalah penting adalah menggunakan primer yang tepat. Primer yang tepat didapatkan melalui proses desain primer (6). Dengan demikian, optimasi metode PCR dan juga desain primer sangat penting dilakukan untuk memastikan produk PCR yang tepat dalam jumlah yang optimal.…”

Section: A Pendahuluanunclassified

Optimasi Metode Polymerase Chain Reaction (PCR) Untuk Identifikasi Polimorfisme Gen SLCO1B1 Sebagai Farmakogen Statin

Saputri,

Rusdi,

Miswar Fattah

2023

BCSP

View full text Add to dashboard Cite

Farmakogenomik merupakan suatu ilmu dengan menggunakan informasi genetik yang bertujuan untuk mengurangi efek obat yang merugikan. Informasi genetik yang digunakan biasanya dalam bentuk Single Nucleotide Polymorphisms (SNP), salah satunya yaitu SLCO1B1. SLCO1B1 merupakan salah satu variasi genetik yang dapat mempengaruhi toksisitas suatu obat, salah satunya yaitu statin. Statin dikenal sebagai obat yang memiliki efek samping berupa miopati. Varian alel SLCO1B1 yang sering dikaitkan dengan statin adalah rs4149056 atau SLCO1B1*5. Penelitian ini bertujuan untuk membuat primer yang spesifik untuk mengidentifikasi polimorfisme gen SLCO1B1 (rs4149056) dan menetapkan kondisi optimum dari metode PCR yang sesuai pada identifikasi polimorfisme gen SLCO1B1 dalam statin. Penelitian dilakukan secara in silico dan lab basah di Prodia Jakarta. Hasil penelitian menunjukkan bahwa primer forward 5’-GGT TGT TTA AAG GAA TCT GGG TCA T-3’ dan primer reverse 5’-GCA GCA GCC ACA AGA AGA CT-3’ yang telah didesain mampu mengidentifikasi polimorfisme gen SLCO1B1 (rs4149056) pada kondisi optimal konsentrasi DNA template 10 ng/5 μl dan suhu annealing 59°C. Sehingga, dapat disimpulkan bahwa polimorfisme gen SLCO1B1 (rs4149056) berpengaruh sebagai farmakogen statin. Pharmacogenomics is a science using genetic information that aims to reduce the adverse effects of drugs. The genetic information used is usually in the form of Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs), one of which is SLCO1B1. SLCO1B1 is one of the genetic variations that can affect the toxicity of a drug, one of which is statins. Statins are known as drugs that have side effects in the form of myopathy. The SLCO1B1 allele variant often associated with statins is rs4149056 or SLCO1B1*5. This study aims to create a specific primer to identify the SLCO1B1 (rs4149056) gene polymorphism and establish the optimum conditions of the appropriate PCR method on the identification of SLCO1B1 gene polymorphisms in statins. The research was conducted in silico and wet lab at Prodia Jakarta. The results showed that the forward primer 5'-GGT TGT TTA AAG GAA TCT GGG TCA T-3' and the reverse primer 5'-GCA GCA GCC ACA AGA AGA CT-3' that had been designed were able to identify SLCO1B1 gene polymorphism (rs4149056) under optimal conditions of template DNA concentration of 10 ng/5 μl and annealing temperature of 59 °C. Thus, it can be concluded that the polymorphism of the SLCO1B1 gene (rs4149056) has an effect as a statin pharmacogen.

show abstract

“…Sekuen DNA dianalisis menggunakan Primer3 yang diperoleh sebanyak dua pasang primer (Tabel 3). Penelitian yang dilakukan oleh Nuryady et al (2020) menyatakan bahwa desain primer dapat dilakukan dengan menggunakan Primer3. Hasil desain primer kemudian dianalisis secara deskriptif menggunakan Primer-BLAST.…”

Section: Identifikasi Morfologi a Aegyptiunclassified

Desain Primer Spesifik Vektor Dengue Aedes aegypti Berdasarkan DNA Pengkode ITS-1, 5.8S Ribosomal RNA, dan ITS-2

Miranti,

Wahyuni,

Permana

et al. 2023

jvet

View full text Add to dashboard Cite

Identifikasi spesies vektor demam berdarah dengue (DBD) penting dilakukan untuk program pengontrolan vektor. Penanda DNA Internal Transcribed Spacer (ITS) adalah salah satu penanda DNA yang umumnya digunakan untuk mengidentifikasi satu spesies. Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh primer yang potensial dengan hasil spesifik terhadap spesies nyamuk Aedes aegypti berdasarkan sekuen DNA ITS-1, 5.8S ribosomal RNA dan ITS-2. Penelitian ini adalah penelitian deskripsif secara in silico menggunakan Primer3 dan Primer-BLAST serta tahap konfirmasi secara in vitro dengan metode Polymerase Chain Reaction (PCR). Data sekuen DNA diperoleh dari NCBI dengan nomor aksesi GU980956.1 dan ON652374.1. Hasil desain primer secara in silico diperoleh sebanyak dua pasang primer potensial yaitu primer 1) Left 5’-CATTTGCTAGTCCCTCGGG-3’ Right 5’-CACCACACCACGTCTGAC-3’, dan primer 2) Left 5’-CATTTG CTAGTCCCTCGGG-3’ Right 5’-CATCAACCGCGGTGTGTC-3’. Visualisasi hasil PCR dideteksi menggunakan gel agarosa 1,5% dengan ukuran produk sekitar 800 bp. Simpulan penelitian ini adalah diperoleh dua pasang primer ITS yang potensial untuk mengidentifikasi nyamuk A. aegypti.

show abstract

Desain dan Optimasi Primer Gen Pengkode MRPA Trypanosoma evansi dan Penerapan pada Pembelajaran Biologi Molekuler

Cited by 4 publications

References 24 publications

Optimization of Sybr Green Quantitative Real Time Polymerase Chain Reaction (qPCR) using Excreted-Secreted Antigens (ESAs) Genetik Marker for Detection Toxoplasma gondii

Optimization of Sybr Green Quantitative Real Time Polymerase Chain Reaction (qPCR) using Excreted-Secreted Antigens (ESAs) Genetik Marker for Detection Toxoplasma gondii

Optimasi Metode Polymerase Chain Reaction (PCR) Untuk Identifikasi Polimorfisme Gen SLCO1B1 Sebagai Farmakogen Statin

Desain Primer Spesifik Vektor Dengue Aedes aegypti Berdasarkan DNA Pengkode ITS-1, 5.8S Ribosomal RNA, dan ITS-2

Contact Info

Product

Resources

About