Atualmente, o controle da tuberculose é dependente de vários fatores tais como rápido diagnóstico, terapia adequada e meios de evitar futuras transmissões. Assim, a caracterização de linhagens de Mycobacterium tuberculosis por tipagem molecular por meio da técnica de RFLP-IS6110 representa uma contribuição primordial e tem sido amplamente utilizada nos estudos de genotipagem para que sejam traçadas cadeias de transmissão. No entanto, por causa da complexidade desta técnica e da dificuldade de interpretação dos dados, outras técnicas têm sido propostas. Entre elas, destaca-se o estudo do número variável de unidades repetitivas (MIRU-VNTR) indicado como novo padrão de genotipagem. O presente estudo teve como objetivo analisar as técnicas de RFLP-IS6110 e 15 loci MIRU-VNTR em isolados de pacientes atendidos no município de Goiânia, Goiás. Para isso, foram caracterizados geneticamente os isolados a fim de se estabelecerem possíveis ligações epidemiológicas entre os casos da doença. Também fez-se a comparação entre os resultados encontrados pelas duas técnicas e o cenário do Brasil. Os dados demonstraram que a técnica de 15 loci MIRU-VNTR discriminou mais os isolados que a técnica de RFLP-IS6110. Não foi encontrada associação epidemiológica entre os pacientes estudados. Os resultados validaram o uso da técnica 15 loci MIRU-VNTR para tipagem molecular de M. tuberculosis por apresentar maior poder discriminatório, boa eficiência para caracterizar geneticamente os isolados em Goiânia-GO, podendo, portanto, ser um método usado em estudo epidemiológico isolado ou em conjunto com outras técnicas. DESCRITORES: Epidemiologia molecular; tuberculose; genotipagem; transmissão.