A partir dos anos 2000, o Brasil retomou uma agenda de política industrial tendo como um dos seus focos prioritários o Complexo Econômico-Industrial da Saúde (CEIS). A indústria farmacêutica foi um dos setores mais atendidos por programas governamentais voltados à promoção da capacidade produtiva e de inovação. Este artigo analisa os efeitos dessas políticas sobre a estrutura produtiva e de inovação das empresas farmacêuticas, tendo em vista o papel do Banco Nacional de Desenvolvimento Econômico e Social (BNDES) e da Agência Brasileira de Inovação (Finep). A partir de uma análise qualitativa da estrutura produtiva da indústria farmacêutica entre os anos 2007 e 2018, e do déficit estrutural na balança comercial de medicamentos acabados, o artigo faz uma análise exploratória sobre o alcance das políticas de apoio ao setor no sentido de ampliar a capacitação tecnológica das empresas. A metodologia está baseada numa avaliação qualitativa de alguns indicadores que consideram a mudança na dinâmica produtiva do segmento farmacêutico. Conclui-se que as políticas implementadas tiveram impactos limitados, pois a produção industrial não demonstrou um padrão de crescimento sustentável na produtividade do trabalho das empresas farmacêuticas financiadas. Assim, elevados recursos públicos, sobretudo de financiamento, não se traduziram em ganhos de eficiência nas empresas, derivados da incorporação de tecnologias, que pudessem afetar a produção e a produtividade do trabalho. palavras-chave: política de inovação; indústria farmacêutica; produção industrial; produtividade do trabalho.