ABSTRACT. Previous genetic studies conducted with migratory fish populations from downstream of the Três Marias dam in the São Francisco River Basin (Brazil) have documented the occurrence of population structuring, as reported for Brycon orthotaenia and Prochilodus argenteus, two commercially important species in this basin. We revisited the genetic structure of these species using microsatellites. B. orthotaenia was sampled during the spawning season and was analyzed using five heterologous microsatellites. P. argenteus was collected in the non-reproductive season and genetic analysis was conducted using ten speciesspecific microsatellites. For both species, genetic diversity between collection sites was similar. Considering B. orthotaenia, F ST and R ST estimates and the Bayesian analysis demonstrated significant differences between sites. Two well-defined populations were identified in the study area, indicating population structuring for this species. No significant differences were found for P. argenteus. These data provide information for knowledge regarding genetic structure of migratory fish species, which may contribute toward the conservation besides the understanding the biology and ecology of these important fishery resources. Keywords: migratory fish, freshwater fish, genetic structure, Characidae, Prochilodontidae, microsatallite, Brazil.Estructura genética poblacional de dos especies de peces migratorios de agua dulce (Brycon orthotaenia y Prochilodus argenteus) en la cuenca del Río San Francisco (Brasil) y su importancia para la conservación RESUMEN. Estudios genéticos anteriores realizados con poblaciones de peces migratorios de aguas abajo de la represa de las Tres Marías en la cuenca del río San Francisco (Brasil) han documentado casos de estructuración genética, como se ha descrito para Brycon orthotaenia y Prochilodus argenteus, dos especies de importancia comercial. Se revisó la estructura genética de estas especies utilizando microsatélites. Se obtuvieron muestras de B. orthotaenia durante la temporada de desove y se analizaron mediante cinco microsatélites heterólogos. Muestras de P. argenteus fueron recogidas en la temporada no reproductiva y el análisis genético se realizó utilizando diez microsatélites específicos para P. argenteus. Para ambas especies, la diversidad genética entre los sitios de recolección fue similar. Considerando a B. orthotaenia, las estimaciones F ST y R ST y el análisis Bayesiano demostraron diferencias significativas entre los sitios. Se identificaron dos poblaciones bien definidas en el área de estudio, indicando una estructuración de la población de esta especie. No se encontraron diferencias significativas para P. argenteus. Estos datos proporcionan información para el conocimiento sobre la estructura genética de las especies de peces migratorios, que puede contribuir a la conservación, además de la comprensión de la biología y ecología de estos importantes recursos pesqueros. Palabras clave: peces migratorios, peces de agua dulce, estructura genética, Chara...