Prokaryotic communities of acidic peatlands from the southern Brazilian Atlantic Forest

Etto, Rafael Mazer; Cruz, Leonardo M.; Jesus, Ederson C; Galvão, Carolina Weigert; Galvão, Franklin; Souza, Emanuel Maltempi de; Pedrosa, Fábio O.; Steffens, Maria

doi:10.1590/s1517-83822012000200031

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“…16S rRNA gene sequences were aligned, edited, and analyzed as described by Etto et al (2012) using the Gblock program (Castresana, 2000), the RDP tools (release 10) (Cole et al, 2009), and the Mothur software package version 1.13 (Schloss et al, 2009). Chimeras, if detected, were removed with Chimera Check or Pintail using the Greengenes database for Bacteria and Silva database for Archaea as templates.…”

Section: Sequence Analysesmentioning

confidence: 99%

Microbial community and performance of slaughterhouse wastewater treatment filters

Stets¹,

Etto²,

Galvão³

et al. 2014

Genet. Mol. Res.

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ABSTRACT. The performance of anaerobic filter bioreactors (AFs) is influenced by the composition of the substrate, support medium, and the microbial species present in the sludge. In this study, the efficiency of a slaughterhouse effluent treatment using three AFs containing different support media was tested, and the microbial diversity was investigated by amplified ribosomal DNA restriction analysis and 16S rRNA gene sequencing. The physicochemical analysis of the AF systems tested suggested their feasibility, with rates of chemical oxygen demand removal of 72 ± 8% in hydraulic retention times of 1 day. Analysis of pH, alkalinity, volatile acidity, total solids, total volatile solids, total Kjeldahl nitrogen, and the microbial community structures indicated high similarity among the three AFs. The composition of prokaryotic communities showed a prevalence of Proteobacteria (27.3%) and Bacteroidetes (18.4%) of the Bacteria domain and Methanomicrobiales (36.4%) and Methanosarcinales (35.3%) of the Archaea domain. Despite the high similarity of the microbial communities among the AFs, the reactor containing pieces of clay brick as a support medium presented the highest richness and diversity of bacterial and archaeal operational taxonomic units.

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Section: Sequence Analysesmentioning

confidence: 99%

Microbial community and performance of slaughterhouse wastewater treatment filters

Stets¹,

Etto²,

Galvão³

et al. 2014

Genet. Mol. Res.

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“…The archaeal diversity in peatland soils from the Atlantic Forest has been also analyzed and, in contrast to what has been observed for peatland soils of the northern hemisphere, methanogens were not dominant in the communities from the sampled soils [101]. In the Brazilian study, 90% of the sequences detected belonged to the MCG and the Crenarchaeotic Terrestrial Group (probably a Thaumarchaeota group).…”

Section: Archaea In Soilsmentioning

confidence: 99%

Archaea in Natural and Impacted Brazilian Environments

Rodrigues-Oliveira

Belmok

Catão

et al. 2016

Archaea

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In recent years, archaeal diversity surveys have received increasing attention. Brazil is a country known for its natural diversity and variety of biomes, which makes it an interesting sampling site for such studies. However, archaeal communities in natural and impacted Brazilian environments have only recently been investigated. In this review, based on a search on the PubMed database on the last week of April 2016, we present and discuss the results obtained in the 51 studies retrieved, focusing on archaeal communities in water, sediments, and soils of different Brazilian environments. We concluded that, in spite of its vast territory and biomes, the number of publications focusing on archaeal detection and/or characterization in Brazil is still incipient, indicating that these environments still represent a great potential to be explored.

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“…Vale ressaltar que embora efeitos imediatos das queimadas nas propriedades e composição dos solos tenham sido relatados na literatura, principalmente relacionados ao aumento temporário de pH gerado pela deposição de cinzas resultantes da vegetação queimada e a mobilização de nutrientes estocados na biomassa viva e serapilheira para o solo (Pivello & Coutinho, 1992;Miranda et al, 2004;Pivello et al, 2010) (Bano et al, 2004;Etto et al, 2012;Hansel et al, 2008;Simister et al, 2012). Trabalhos anteriores de nosso grupo de pesquisa também empregaram esse par de iniciadores e demonstraram sua eficiência na descrição de membros do domínio Archaea em solos (Catão et al, 2013) e sedimentos lacustres do cerrado (Rodrigues et al, 2014).…”

Section: Resultsunclassified

“…No entanto, também deve-se levar em consideração as limitações impostas pela metodologia de PCR empregada na obtenção de sequências ambientais, como por exemplo variações na eficiência dos experimentos de PCR devido a contaminantes no DNA total extraído ou ainda à especificidade do iniciador empregado na reação em relação ao gene alvo (Wintzingerode et al, 1997). Membros do filo Euryarchaeota já foram identificados em diferentes ambientes através da utilização desse mesmo par de iniciadores escolhido neste trabalho (21f/958r) (Bano et al, 2004;Etto et al, 2012), e inclusive em trabalhos anteriores de nosso grupo com sedimentos de lagoa de cerrado (Rodrigues et al, 2014). Assim, não é provável que os iniciadores utilizados tenham apresentado um viés para a amplificação de DNA apenas de membros do filo Crenarchaeota.…”

Section: O Banco De Dadosunclassified

“…Este grupo não apresenta uma afiliação clara com qualquer filo de Archaea e seu posicionamento é instável em árvores de rRNA 16S . Uma sequência identificada em turfeiras do sul da Mata Atlântica, previamente afiliada a este grupo pelos autores (número de acesso HQ614436.1, Etto et al, 2012), foi incluída na árvore e mostrou forte afiliação com Cb54. Por não apresentar qualquer representante cultivado, pouco se sabe sobre a fisiologia e ecologia destes organismos (Meng et al, 2014).…”

Section: áRvores Filogenéticasunclassified

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Filogenia molecular e cultivo de Archaea de solos de Cerrado sensu strictoc

Dias¹

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Brasília, para a obtenção do título de Mestre em Biologia Molecular.Orientadora: Dra. Cynthia Maria Kyaw Brasília, março de 2015ii Dedico esta dissertação à memória de minha querida avó Eloá, que sempre me incentivou na busca pelo conhecimento e cujos carinho e amor me fazem muita falta.iii AGRADECIMENTOS Em primeiro lugar gostaria de agradecer a minha orientadora, Cynthia Kyaw, por toda a ajuda, paciência e apoio ao longo destes anos. Seus conselhos e orientação presente foram essenciais para o desenvolvimento deste trabalho. Tive muita sorte de tê-la como orientadora. Muito obrigada por tudo Cynthia! Agradeço aos meus pais, Elder e Luciana, que sempre me apoiaram em todas as minhas decisões e mesmo sem entender muito bem do que se tratavam essas tais de archaeas, sempre estiverem dispostos a me escutar ao longo destes anos. Sou muito grata pelo incentivo e apoio incondicionais de vocês.Aos meus irmãos, tios, primos e avôs, pela constante presença, carinho e apoio, muito obrigada! Ao meu amor, Diego, que sempre esteve ao meu lado, compartilhando de cada alegria e conquista e me confortando e apoiando nos momentos mais difíceis, muito obrigada pelo companheirismo.Tenho muito a agradecer também às pessoas que tornam meu dia-a-dia tão agradável e divertido no laboratório: Thiago Rodrigues, Deborah Vasconcellos, Letícia Mallmann e Letícia Velasco. Muito obrigada pelas risadas, amizade, companhia e ajuda. De forma especial, gostaria de agradecer ao Thiago, por toda a ajuda e paciência durante as análises de bioinformática e pelas inúmeras contribuições intelectuais.Agradeço à professora Heloísa Miranda pelo grande auxílio com as coletas de solo e discussão de informações referentes a ecologia do Cerrado.Também gostaria de agradecer ao professor Ricardo Krüger por sua colaboração com esta pesquisa.Agradeço à Ingrid e ao Cláudio, membros do laboratório de Microscopia da Unb, por toda a disponibilidade e ajuda na preparação de amostras para análises de microscopia.iv Aos responsáveis pelo sequenciamento do Laboratório de Biologia Molecular da UnB, em especial ao Bruno Sales, pelo sequenciamento de parte das amostras deste trabalho, muito obrigada.Gostaria de agradecer à querida Cinthia Bonatto, por toda a paciência e perseverança nas tentativas de análise das células cultivadas por microscopia de força atômica e por toda as conversas e dicas. Agradeço também ao Prof. Luciano Paulino por disponibilizar seu laboratório e equipamentos.Também tenho muito a agradecer ao amigo Marco Oliveira, sempre disposto a me escutar lamentar sobre cada experimento que deu errado. Obrigada pelas muitas conversas, risadas, histórias e visitas ao laboratório.Não posso deixar de agradecer aos meus coleguinhas biológicos, grandes amigos desde os tempos de graduação, que tanto me aconselharam e escutaram ao longo do mestrado: Stefânia, Luíza, Ester, Chael, Amanda, Thiago, Diogo, Gabriel, Anderson, Gabriela, Marco e Guilherme.Agradeço também às queridas Mariana, Camila, Karina, Nathália, Michelle, Fernanda e Fabiana, amigas desde os tempos de ...

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Prokaryotic communities of acidic peatlands from the southern Brazilian Atlantic Forest

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Microbial community and performance of slaughterhouse wastewater treatment filters

Microbial community and performance of slaughterhouse wastewater treatment filters

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