Description and analysis of genetic diversity among squash accessions

Tsivelikas, Athanasios; Koutita, Olga; Anastasiadou, Anastasia; Skaracis, George N.; Traka-Mavrona, E.; Koutsika-Sotiriou, M.

doi:10.1590/s1516-89132009000200003

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“…Some studies have described the use of this methodology, including Rodriguez et al (2005), in an investigation of Brassica napus L, Vieira et al (2007) and Bertan et al (2009) in a study of Triticum aestivum L., Gonçalves et al (2008) and Rocha et al (2010) in an evaluation of Solanum lycopersicum, Tsivelikas et al (2009) in a study with Cucurbita spp., and Moura et al (2010) in a study of Capsicum chinense.…”

Section: Group Vmentioning

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“…Jointly analyzing quantitative and qualitative variables can provide a better indication of existing variability (ROCHA et al, 2010). Gower's distance (1971) is a lowcomplexity joint analysis procedure which has been used in several characterization and evaluation studies of germplasms (BERTAN et al, 2009;GONÇALVES et al, 2008;MOURA et al, 2010;QUINTAL et al, 2012;ROCHA et al, 2010;RODRÍGUEZ et al, 2005;TSIVELIKAS et al, 2009;VIEIRA et al, 2007). Therefore, in this study, we conducted joint analysis to characterize and evaluate the genotypic divergence of 14 accessions of Cucurbita moschata collected in the northern region of the State of Rio de Janeiro using qualitative and quantitative variables.…”

Section: Introductionmentioning

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Genetic divergence among pumpkin landraces

et al. 2016

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Estimating the genetic variability in germplasm collections is important not only for conserving genetic resources, but also for plant breeding purposes. However, generating a large number of different categories data (qualitative and quantitative) often complicate the analysis and results interpretation, resulting in an incomplete distinction of accessions. This study reports the characterization and evaluation of 14 pumpkin (Cucurbita moschata) accessions collected from farms in the northern region of Rio de Janeiro state. Genetic diversity among accessions was also estimated using qualitative and quantitative variables considering joint analysis. The plants were grown under field conditions in a randomized block design with three replications and six plants per plot. Eight qualitative traits (leaf size; seed shape; seed color; color of the fruit pulp; hollow; fruit shape; skin color, and fruit skin texture) and eight quantitative traits (fruit weight; fruit length; fruit diameter; soluble solids, 100 seed weight, and wall thickness measured in the middle and in the lower stem) were evaluated. The data were analyzed considering the Gower distance, and cluster analysis was performed using unweighted pair group method with arithmetic mean (UPGMA). Variability among accessions was observed considering morphoagronomic data. The Gower distance together with UPGMA cluster allowed for good discrimination between accessions in the groups, demonstrating that the simultaneous analysis of qualitative and quantitative data is feasible and may increase the understanding of the variation among accessions. Key words: Cucurbita moschata. Gower distance. Morphoagronomic descriptors. Multivariate analyses. ResumoA estimativa da variabilidade genética em banco de germoplasma é importante não só para conservação dos recursos genéticos, mas também para sua utilização no melhoramento de plantas. Entretanto, a geração de um grande número de variáveis de diferentes categorias (qualitativas e quantitativas) pode dificultar a análise e a interpretação dos resultados, muitas vezes resultando na incompleta distinção dos acessos. Este trabalho objetivou caracterizar 14 acessos de Cucurbita moschata coletados no Norte do Estado do Rio de Janeiro e estimar a divergência genotípica entre esses acessos, utilizando a análise conjunta de variáveis qualitativas e quantitativas. As plantas foram cultivadas a campo, no delineamento de blocos ao acaso, com três repetições e seis plantas por parcela. oito variáveis qualitativas (tamanho da folha; formato da semente; cor da semente; cor da polpa do fruto; reentrância; formato do fruto; cor predominante da casca e textura da superfície da casca) e oito variáveis quantitativas (massa do fruto; comprimento e diâmetro do fruto; teor de sólidos solúveis totais; massa de 100 sementes, e espessura da polpa no pedúnculo, mediana e inferior). Os dados foram analisados considerando a distância de Gower e o agrupamento dos acessos foi realizado pelo método UPGMA. Verificou-se variabilidade entre os aces...

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Section: Group Vmentioning

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Section: Introductionmentioning

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Genetic divergence among pumpkin landraces

et al. 2016

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“…Logicamente que tal situação decorre de uma maior capitalização da expressão gênica em uma única matriz de dados reunindo os diferentes tipos de variáveis (GONÇALVES et al, 2009). Em relação aos agrupamentos realizados separadamente para cada tipo de variável, não é incomum a identificação de incongruências TSIVELIKAS et al, 2009 (IBPGR, 1988), com algumas alterações sugeridas por Pinto (1999), sendo oito quantitativas e 11 qualitativas (Tabela 2). Tabela 2.…”

Section: Introductionunclassified

Divergência genética entre acessos de mamoeiro por meio de variáveis morfoagronômicas

et al. 2012

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ResumoO presente trabalho teve como objetivo quantificar a variabilidade genética entre 46 acessos de mamoeiro dos grupos Solo e Formosa utilizando 19 variáveis morfoagronômicas separadamente e em conjunto, e verificar a eficiência da análise conjunta no estudo da diversidade genética. O experimento foi conduzido em três épocas distintas (maio e agosto de 2007, e novembro de 2008), no município de Linhares-ES, utilizando-se delineamento em blocos casualizados, com duas repetições e 20 plantas por parcela em fileira dupla. As características quantitativas foram submetidas à análise de variância e posteriormente, utilizadas para estimar a distância de Mahalanobis, enquanto para os descritores qualitativos utilizouse o coeficiente de coincidência simples. A análise conjunta das variáveis quantitativas e qualitativas foi estimada com base no algoritmo de Gower. As matrizes de distâncias foram comparadas usando a correlação de Mantel com 1000 permutações. Posteriormente, foi realizado o agrupamento dos acessos pelo método UPGMA. Embora tenha sido constituído número igual de grupos (sete), os dois tipos de variáveis separadamente ou em conjunto não possibilitaram a formação de agrupamentos consideravelmente semelhantes para o grupo Formosa. Ao contrário, os acessos do grupo heterótico Solo ficaram alocados praticamente no grupo I em relação a todos os métodos de distância. O agrupamento formado pelos dados em conjunto proporcionou maior disjunção dos genótipos, decorrente de maior homogeneidade dentro dos grupos e heterogeneidade entre os grupos. Palavras-chave: Carica papaya L., análise combinada, banco de germoplasma, algoritmo de Gower AbstractThis study aimed to quantify genetic variability among 46 accessions of papaya from 'Solo' and 'Formosa' groups using 19 morphoagronomic traits separately and simultaneously, and to evaluate the efficiency of simultaneous analysis. The experiment was conducted for three growing seasons (May and August 2007, and November 2008), in Linhares-ES, using a randomized block design with two replications and 20 plants in two rows per plot. Quantitative traits were analyzed by analysis of variance and then used to estimate the Mahalanobis distance, while for the qualitative traits it was used the coefficient of simple coincidence. The genetic distance for the joint analysis was estimated based on the algorithm of Gower. The matrices of distance were compared using the Mantel correlation with 1000 permutations. The clusters of accessions were performed by UPGMA. Although they have made the same number of groups (seven), both types of variables separately and jointly did not allow the 1 Engº Agrº, Doutorando em Produção Vegetal, Universidade Estadual do Norte Fluminense Darcy Ribeiro, UENF, Campos dos Goytacazes, RJ.

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“…Cucurbita pepo is one of the most nutritionally and economically important species in the genus Cucurbita L. of Cucurbitaceae family that is cultivated worldwide and is of American origin (Tsivelikas et al, 2009;Ghobary and Ibrahim, 2010). Leaves of other wild Cucurbitaceae species indigenous to southern Africa, such as Coccinia palmata and Lagenaria sphaerica are cooked as leafy vegetables (Ntuli and Zobolo, 2008).…”

Section: Introductionmentioning

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“…The potential applications of RAPD fingerprinting in molecular biology include: Determination of taxonomic identities, detection of interspecific gene flow, assessment of kinship relationships, analysis of mixed genome samples and production of specific probes and and gene mutation (Hadrys et al, 1992;De Wolf et al, 2004). RAPD markers have been used extensively to analyze genetic diversity in cucurbits (Ferriol et al, 2003;2004a;2004b;Dey et al, 2006;Morimoto et al, 2006;Hadia et al, 2008;Khan et al, 2009;Tsivelikas et al, 2009;Du et al, 2011).…”

Section: Introductionmentioning

confidence: 99%