O debate sobre a participação feminina nas carreiras acadêmicas realça as diferenças de gênero que persistem na sociedade. Atualmente, as mulheres são a maioria dos discentes de graduação e pós-graduação no Brasil. No entanto, a participação feminina nos programas de pós-graduação (PPGs) em engenharias ainda é baixa, principalmente como docentes. Diante disso, este estudo analisou a participação feminina como discentes e docentes nos PPGs em engenharia civil, ambiental e de transportes no Brasil de 2013 a 2020, bem como as relações orientador-orientando de acordo com o gênero. Para isto, nós analisamos todos os 16.131 pares de orientador-orientando de trabalhos de conclusão de mestrado e doutorado. Posteriormente, nós analisamos a produção científica de 659 pesquisadores(as) que concluíram o doutorado entre 2013 e 2016 sob uma perspectiva de gênero. Concluiu-se que, em média, as mulheres representam 47% dos concluintes de mestrado e 43% dos concluintes de doutorado entre 2013 e 2020, mas apenas 28% dos orientadores. Proporcionalmente, as orientadoras tendem a trabalhar com estudantes do gênero feminino e os orientadores tendem a trabalhar com estudantes do gênero masculino. No geral, alguns anos após a defesa do doutorado, as mulheres apresentaram métricas científicas piores do que seus pares do gênero masculino; no entanto, essas diferenças aparentam estar mais relacionadas ao gênero da pessoa do que ao gênero do seu orientador(a). Esses resultados confirmam a falta de representatividade feminina e o efeito tesoura no cenário acadêmico da engenharia brasileira e evidenciam a necessidade de implementação de políticas públicas de igualdade de gênero no cenário acadêmico brasileiro.