O objetivo deste estudo foi analisar a integração de preços no mercado brasileiro de milho em grão, considerando os custos de transação. Foram analisados preços diários do milho em grão no período de janeiro de 2009 a dezembro de 2016, nos mercados físicos de Sorriso (MT), Dourados (MS), Paranaguá e Cascavel (PR), Rio Verde (GO), Passo Fundo (RS), Triângulo Mineiro (MG) e Campinas (SP). São regiões de maior dinâmica na comercialização do grão no País. A metodologia consistiu no teste de raiz unitária, cointegração de Johansen, estimação do modelo vetorial de correção de erro com threshold (TVEC) dois regimes. Os resultados indicam que Campinas possui uma relação de equilíbrio de longo prazo com os demais mercados e a estimação do modelo TVEC confirma a presença de um threshold. Nos regimes Down, onde a maior parte da porcentagem da amostra se encontra, as variações de preços ocorridas em Campinas afetaram os preços de Dourados e Triangulo Mineiro somente no curto prazo, ou seja, variações de preços passados. Nos regimes Up as variações de preços em Campinas afetaram em curto e em longo prazo os demais mercados físicos. Além disso, os parâmetros threshold, indicam a existência de custos de transação nas inter-relações entre os preços. De modo que um choque de preços resultado por excesso de demanda em Campinas, por exemplo, superior a 1,22%; 1,45%; 1,26%; 0,9%; 1,27%; 1,03% e 1,39% promovem um ajustamento de preços em Cascavel, Dourados, Paranaguá, Passo Fundo, Rio Verde, Sorriso e Triângulo Mineiro, respectivamente.