Este trabalho teve por objetivo avaliar o percentual de positividade de Blastocystis spp. na população de quatro municípios de dois biomas do estado de Mato Grosso. As coletas de fezes foram realizadas nos municípios de Barão de Melgaço, Cáceres, Nova Xavantina e Cuiabá, nos biomas Pantanal e Cerrado. Foram coletadas 708 amostras fecais, o grupo amostral foi dividido em duas categorias sendo 350 provenientes do grupo I, o qual compreendia uma população composta por integrantes com idade entre 5 a 15 anos e 358 provenientes do grupo II, composto por integrantes com idade de 16 anos acima, destas 17,93% estavam positivas para Blastocystis spp, sendo que 11,15% eram amostras de pertencentes ao primeiro grupo e 6,77% referentes ao segundo grupo. Barão de Melgaço foi o município que apresentou a maior positividade (25,5%), e Cáceres a menor (7%). O bioma Cerrado apresentou um percentual maior de amostras positivas na população geral (21,10%) em relação ao Pantanal (15,5%). Houve diferença significativa para o percentual de positividade com relação à faixa etária, não havendo diferença entre os indivíduos por sexo ou por biomas. Este trabalho possibilitou um maior conhecimento sobre a realidade mato-grossense quanto à infecção por Blastocystis spp.