Os fungos endófitos estão associados com centenas de espécies vegetais, colonizando os espaços intercelulares e vasos do xilema sem provocar sintomas de doença. Visando estudar os fungos endófitos de plantas ornamentais do Sul da Bahia nove coletas sucessivas foram realizadas em três áreas selecionadas nos municípios de Ilhéus, Una e Uruçuca. Após os isolamentos foram identificados em 21 hospedeiros, 26 espécies de fungos pertencentes a 19 gêneros com destaque para Colletotrichum gloeosporioides, Acremonium sp. e Glomerella cingulata. Dois isolados de cada espécie foram depositados na micoteca do laboratório de diversidade de fungos do Centro de Pesquisas do Cacau. As espécies Acremonium sp. e Glomerella cingulata apresentaram índices máximos de freqüência, dominância, abundância e constância. A maior freqüência de colonização por fungos ocorreu em Heliconia bihai.Palavras-chave: Endofitismo, micodiversidade, micobiota brasileira.Endophytic fungi in ornamental tropical plants in Bahia, Brazil. Endophytic fungi are associated with hundreds of plant species colonizing intercellular spaces and xylem vessels without provoking disease symptoms. Aiming to study the endophytic fungi of ornamental plants in Southern Bahia, nine successively collectings were done in three selected areas of Ilhéus, Una and Uruçuca municipalities. Nineteen genera and 26 fungal species were identified in 21 host plants with the predomination of Colletotrichum gloesporioides, Acremonium sp. and Glomerella cingulata. Two isolates of each fungal species were deposited in the cultural collection of the fungal diversity laboratory of Cacao Research Center, Bahia, Brazil. Acremonium sp. and Glomerella cingulata presented highest rates of frequency, dominance, abundance and constancy. The highest colonization rate by fungi occurredin Heliconia bihai.