Introdução: as infecções congênitas são resultantes da transmissão vertical de microrganismos de gestantes infectadas para seus conceptos. Apesar dessas infecções, em geral, cursarem com pouca ou nenhuma manifestação clínica nas gestantes, a infecção fetal pode trazer morbimortalidade perinatal e na infância. Objetivo: identificar a prevalência das infecções congênitas encaminhadas ao Centro de Referência e Treinamento em Doenças Infecciosas e Parasitárias Orestes Diniz (CTR/DIP Orestes Diniz) e avaliar os métodos laboratoriais usados para o diagnóstico. Métodos: estudo transversal realizado em ambulatório de referência em doenças infecciosas, a partir de coleta de dados de prontuários de crianças com diagnóstico suspeito de infecção congênita. A confirmação diagnóstica baseou-se em testes sorológicos ou de biologia molecular, além de descrição de sintomatologia da criança. Resultados: um total de 513 crianças foram identificadas, sendo que 41,3% tiveram o diagnóstico confirmado, a maioria foi de toxoplasmose (45,35%) e sífilis (15,98%). Entre as crianças com diagnóstico confirmado, 28,85% apresentaram manifestações clínicas, enquanto que no grupo com diagnóstico indeterminado ou suspeito o percentual foi de 16,38%. As principais manifestações identificadas foram acometimento do sistema nervoso central (n=39) e alterações visuais (n=30). Conclusão: a confirmação de infecção foi definida em aproximadamente metade dos pacientes avaliados e a maioria das crianças foi assintomática ao nascimento. O pré-natal de qualidade e a propedêutica e tratamento precoce das crianças identificadas podem reduzir o impacto dessas infecções no nosso meio.