Descrever a amostragem estratificada complexa probabilística por conglomerados, considerando dificuldades impostas pela pandemia da COVID-19. Realizou-se a estimativa amostral para população finita dos escolares de 5, 12 e 15 anos (5062, 5539, 5228); excluiu-se universo de 5 anos, escolas particulares e da zona rural devido a pandemia, obtendo novo universo para 12 e 15 anos (4036, 4118). Considerou-se 95% de confiança (1,96); erro amostral de 5 e 10% e taxa de não resposta de 10%; distribuição média e desvio padrão da cárie prévios; deff=1,4; prevalências de desfecho de 50%. Avaliaram-se aqueles matriculados nas escolas sorteadas que continham as idades índice de 12 e 15 anos, preconizadas pela OMS, cujas amostras inicialmente idealizadas foram respectivamente: 1347 e 2970 para distribuição média da cárie e 540 e 537 para proporções. A pandemia inviabilizou o planejamento inicial; as novas amostras foram 1271, 2696, 527 e 528, respectivamente para 12 e 15 anos. Já o número de escolares avaliados: 2193, 2084, 233 e 477. O planejamento inicialmente idealizado não foi passível de execução, foi necessária uma nova estimativa amostral com mudança na representatividade. A população de 12 anos avaliada superou a estimada, já a de 15 anos foi inferior.