Os investimentos em Pesquisa e Desenvolvimento (P&D) são fundamentais para a prosperidade econômica de um país, uma vez que proporcionam o acesso à fronteira do conhecimento, ao desenvolvimento e a comercialização de produtos, entre outros. Com a finalidade de ampliar a competitividade das empresas nacionais, o Brasil lançou, a partir de 2004, um aparato institucional e financeiro de apoio à inovação, sendo instituída nesse contexto, a subvenção econômica (SE) à inovação, isto é, o aporte público de recursos não reembolsáveis diretamente nas empresas para o desenvolvimento de atividades inovadoras. A instituição responsável pela SE no Brasil é a Finep, que conta com a parceria dos governos estaduais, geralmente por meio das Fundações de Amparo à Pesquisa (FAP´s), para que o programa alcance maior capilaridade no território nacional. O objetivo geral deste artigo é propor uma agenda que auxilie as FAP´s nos procedimentos de planejamento, execução e conclusão de projetos apoiados.